Thème de travail : Eflore

Comment structurer le projet de flore électronique afin de prendre en compte ses nombreuses ramifications et permettre une plus large participation ?

Séance n°1 : E-Flore

But : présenter le modèle de base de données permettant de gérer l’ensemble des données produites par les projets de Tela-Botanica

Basé sur le modèle Euro+Med, basé lui même sur un modèle développé par le BGBM (Botanischer Garten und Museum Berlin) par Berenson.

Le noyau central de la base est la BDNFF = le référentiel nomenclatural de M. Kerguélen complété et actualisé par l’équipe ISFF de Tela. C’est autour de cette base que s’articulent les projets basés sur des taxons (chorologie, images, vernaculaires, etc.)

Liste des sous projets potentiels :

  1 BDNFF : base nomenclaturale de référence
  2 Noms vernaculaires
  3 Descriptions des taxons
  4 Informations sur les taxons : images et textes
  5 Matrices de caractères descriptifs
  6 Clefs d’identification
  7 Classifications taxonomiques
  8 Chorologie et cartographie
  9 Phytosociologie
  10 Thesaurus
  11 Bases d’observations de terrain
  12 Noms de Botanistes (auteurs / collecteurs)
  13 Bibliographie
  14 Administration d’E-flore

Problèmes à résoudre

  limites géographiques de l’exploitation de l’outil informatique : France métropolitaine et TOM-DOM, territoires limitrophes ?
  limites taxinomiques
  périodicité de la mise à jour de la BDNFF et gestion des versions
  validation des données (démarche qualité)
  intégration des flores classiques (Fournier, Coste, CNRS...)
  intégration des retours et remarques de botanistes

Autres points soulevés
  développement et utilisation de logiciels sur ordinateurs personnels ou agenda électroniques pour la saisie de données, le transfert d’informations, etc.

Proposition d’ateliers pour le reste du week-end

A - Modèles de données et relations entre taxinomie, nomenclature, classifications, nom des botanistes, noms vernaculaires

B - descriptions et format des matrices de caractères pour la description des taxons, clefs, outils de détermination, dictionnaires, informations images et textes

C - Observations géographiques et chorologiques

D - Habitats, milieux, phytosociologie

Thèmes transversaux aux différents ateliers

  Adminitration
  Bibliographie

Séance n°2 E-Flore

Démonstration des outils utilisables : Wiki (site de référence http://www.wikini.net) et site wiki de e-flore (http://wiki.tela-botanica.org/eflore) Cet outil permet à plusieurs personnes (habilités) de travailler ensemble sur le même document, en évitant les traditionnels envois de fichiers textes entre les membres du groupe. Très pratique et efficace !

Principe de travail retenu pour les projets : discussion sur la liste EfLore, puis rédaction de syntheses le site wiki pour relectures, modifications et eventuellement commentaires.

Distinction nomenclature / taxinomie dans la base

Dans la base Eflore, il existe une table contenant tous les éléments liés a la nomenclature : commentaires nomenclaturaux et sources biblio. C’est à ce niveau qu’est gérée la synonymie nomenclaturale (objective) sous forme d’une table des combinaisons.

Les taxons sont gérés a un autre niveau, ils correspondent a un choix subjectif. Chaque taxon présent dans une flore porte un numéro unique auquel on rattache un nom. La relation nom/taxon est réalisée pour chaque projet (il peut y avoir plussieurs projets simultanés)

Les interprétations (sensu, sec, ou in) doivent être considérées comme autant de "noms distincts", qui doivent être gérés au niveau taxinomique. Pour les chimères (description basée sur des échantillons appartenant à des taxons distincts) ou lorsqu’il y a des incohérences (entre la clef et la description) il faut renvoyer sur un "nom sans correspondance" indiquant la raison de cette incohérence.

Ainsi chaque nom utilisé dans une flore française sera "individualisé" et saisi de manière a pouvoir séparer les interprétations dans les principales flores françaises.

Reste en suspend : le choix entre un référentiel unique, la BDNFF, qui intègre tous les nouveaux choix taxinomiques (toutes les nouvelles publications), ou bien gérer d’autres référentiels taxinomiques, eventuellement autant qu’il y a de nouvelles classifications ?

Validation :

La validation des données nécessite un comité scientifique (rôle de Reftax ?) Il faudrait que ce comité valide les changements taxinomiques, c’est à dire les synonymes taxinomiques modifiés, rajoutés, ou déplacés. La base "déjà validée par l’usage’"correspond a Kerguelen 1999. Donc il faut identifier les changements entre la BDNFF actuelle et Kerguelen 1999 au niveau taxinomique.

Qui doit définir ce comité ? A priori ca ne doit pas être Tela Botanica ? Mais si Tela ne lance pas des idées, qui le fera ? Ce point devra être discuté au cours du week-end.

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