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Global Plants Initiative : projet international de numérisation des herbiers

Mis en ligne mercredi 6 novembre 2013 par PIRAT - Nouvelles du Réseau

ZOOM sur ce projet / L’université Montpellier 2 (herbier MPU) et Tela Botanica participent depuis plus de 10 ans à un programme international de numérisation d’herbier parrainé par la fondation Andrew W. Mellon : le « Global Plants Initiative » (GPI). Initié en 2003 sous le nom d’African Plants Initiative, ce programme a permis aujourd’hui la mise en ligne de près de 2 millions de spécimens d’herbier, consultables sur le site de JSTOR Plants Science. Cet article vous propose un retour sur l’historique de ce projet, ses objectifs, ainsi qu’une présentation de la base de données constituée.

La Fondation Andrew W. Mellon

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Andrew W. Mellon

Andrew W. Mellon (1855-1937) était un riche banquier américain, industriel, philanthrope et collectionneur d’art, devenu en 1914 l’un des hommes les plus riches des Etats-Unis. Très généreux de son vivant, il a donné près de 10 millions de dollars à des institutions éducatives et caritatives. A sa mort, ses enfants poursuivent son œuvre en créant chacun une fondation. La fusion de ces deux institutions donne naissance en 1969 à la «  Andrew W. Mellon Foundation », qui apporte son soutien financier dans les domaines de l’éducation, des technologies de la communication et de l’information, de l’histoire de l’art, de la conservation et des musées, de l’environnement, etc. Dans le milieu des années 1990, cette fondation finance notamment le lancement de JSTOR : une base de données en ligne de revues universitaires et scientifiques, aujourd’hui très connue et utilisée par toute la communauté scientifique.

Naissance du projet : African Plants Initiative (API), un projet botanique de dimension internationale

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Zoom sur Baccharis senegalensis Pers. un type de MPU numérisé en 2008

En 2003, la fondation Andrew W. Mellon apporte son soutien financier au projet African Plants Initiative, dont l’objectif était la numérisation et mise en base de données des types nomenclaturaux [1] de plantes africaines. En réunissant les matériaux provenant d’un grand nombre d’herbiers en une base de données en ligne permanente et en leur assurant un accès facile, le projet API a participé à la transformation du fonctionnement même de la recherche et de l’enseignement. À titre d’exemple, en recherche taxinomique, l’accès aux échantillons types est essentiel. La plupart des types africains se trouvant dans des herbiers européens, leur étude nécessitait jusque là beaucoup de temps et d’argent pour assurer les déplacements nécessaires à leur consultation dans des herbiers lointains. La mise en place d’une base de données unique a ainsi simplifié le travail d’étude de nombreux scientifiques grâce à un accès rapide et simplifié aux ressources internationales.
Les données collectées dans le cadre du projet API constituaient l’une des composantes d’un programme plus large autour de l’Afrique, ALUKA, qui s’articulait autour de trois volets :
-  les plantes d’Afrique (volet qui a depuis été transféré sur JSTOR Plants Science),
-  le patrimoine culturel africain,
-  les luttes pour la liberté en Afrique australe.

Un succès grandissant et une extension de la couverture géographique
En moins de trois ans, le projet API avait déjà permis la mise en ligne de plus de 300 000 images de types de plantes d’Afrique, grâce à la participation de 39 institutions originaires de 20 pays (d’Afrique, d’Europe et des États-Unis). Devant cet immense succès et suite au très bon accueil qui lui a été fait par la communauté scientifique, ce projet initialement limité au plantes d’Afrique a été élargi en 2007 aux plantes d’Amérique du Sud (Latin American Plants Initiative, LAPI), puis en 2009 à l’ensemble du monde (Global Plants Initiative, GPI).

Le nombre d’institutions partenaires n’a cessé de croître depuis,(JPEG) avec en 2011 pas moins de 190 institutions dans 60 pays et aujourd’hui plus de 300 institutions dans 75 pays qui participent au projet. Cette importante participation des herbiers de par le monde a permis à ce jour la mise en ligne sur JSTOR Plants Science de plus de 2 millions de documents botaniques, dont plus de 1,8 millions de spécimens d’herbier et 450 000 articles associés. Dans la vidéo suivante, le Dr. Barbara Thiers du Jardin Botanique de New York présente l’importance du programme GPI tant pour les chercheurs que pour l’ensemble des services de documentation (Bibliothécaires/documentalistes) :

The Global Plants Initiative : An Overview from JSTOR Global Plants on Vimeo.

JSTOR Plants Science : une ressource numérique durable
A la fin 2014, après plus de 10 années de soutien financier apporté au programme Global Plants Initiative, la fondation A.W. Mellon aura atteint les objectifs qu’elle s’était fixée de constituer une base de données mondiale comportant « la plupart » des types nomenclaturaux de plantes. Fort de cet accomplissement, les financements accordés aux herbiers arriveront ainsi à leur terme en décembre 2014, permettant à la fondation de recentrer dorénavant ses financements sur la Culture et l’Education aux Etats-Unis. La base de JSTOR Plants Science restera quant à elle une ressource permanente et durable qui continuera à être maintenue, améliorée et enrichie grâce notamment aux frais de souscription payés par les institutions et utilisateurs. Par souci d’équité et afin de permettre à une large communauté scientifique d’accéder à toutes les fonctionnalités du site, ces frais de souscription sont d’un montant variable et adapté à la taille et au budget de chaque institution (tarif très préférentiel pour certains pays). Pour en savoir plus, utiliser la fonction « Contact Us » du site de JSTOR Plants Science, sous l’onglet « About ».

JSTOR Plants Science : contenu et fonctionnalités
JSTOR Plants Science a pour vocation de faciliter le travail des étudiants, enseignants et chercheurs en lien avec la biologie, l’écologie, l’environnement ou la conservation. Outre ses 1,8 millions de spécimens types, la base de données inclut ainsi une large gamme de ressources liées à la botanique, telles que des photographies, illustrations, œuvres d’art botaniques, carnets de terrain, correspondances, ouvrages de référence, etc.
Le site est équipé d’outils performants de recherche, d’exploration, d’analyse de contenus, de visualisation d’images qui permettent aux chercheurs aussi bien de zoomer (images très haute-résolution) que de faire des rotations ou même des mesures sur les plantes. Les utilisateurs peuvent aussi poster des commentaires sur les images et apporter des corrections sur les données en ligne, ou bien encore sauvegarder les documents de leur choix dans un « dossier » en ligne personnalisé. Alors que tout le contenu de la base est librement accessible, l’utilisation des fonctionnalités avancées est limitée aux institutions ou personnes ayant acquitté leurs frais de souscription.

Participation de l’herbier de l’université Montpellier 2 (MPU)

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L’herbier MPU

L’herbier MPU renferme une collection riche de près de 3,5 millions d’échantillons et de documents originaux, tels que des carnets de terrain, iconographies, correspondances, descriptions de récolte, mais aussi des collections de documents mycologiques. Les spécimens sont répartis dans près de 400 collections (dont 7 grands herbiers généraux), et l’on estime à 40 000 ou 50 000 le nombre de types nomenclaturaux qu’il contient. Depuis 2004, à l’initiative de Joël Mathez et Peter Schäfer, l’herbier de Montpellier (MPU) participe au programme GPI (anciennement API, puis LAPI), en collaboration avec Tela Botanica. Ces dix années de travail ont permis à ce jour, en 2013, la mise en ligne sur les sites de JSTOR Plants Science et du Pôle Patrimoine Scientifique (Université Montpellier 2) de plus de la moitié de ses types nomenclaturaux et de 2 collections inédites de documents mycologiques.

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Numérisation des types

Pour en savoir plus, consulter cet article. On estime qu’à la fin du projet (en décembre 2014), l’herbier MPU aura mis en ligne près de 25 000 types de phanérogames et 8 000 dossiers de description de récoltes mycologiques, soit à peine plus de la moitié des types nomenclaturaux qu’il renferme. Au rythme actuel, il faudrait 6 ans supplémentaires pour achever ce travail. Il reste tant à faire !

-  Accéder aux interfaces de consultation :
>> L’interface Jstor : plants.jstor.org/
>> L’interface de l’herbier MPU : www.collections.univ-montp2.fr permet d’accéder gratuitement aux images en haute résolution.

-  Pour en savoir plus :
>> Présentation du projet GPI sur Tela
>> Présentation du projet GPI sur JSTOR Plants Science

L’équipe Tela Botanica/Herbier

Notes :

[1] Un type nomenclatural est un échantillon désigné comme référence du nom d’une espèce (ou d’une autre catégorie taxinomique) par le botaniste qui a créé ce nom.

©© Cet article est publié sous licence : Creative Commons
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Vos commentaires sur cet article

Réagir à cet article

  • Le 8 novembre 2013 par FOUGERE jean françois

    Bonjour

    ce systeme est assez interesssant , maintenant en temps que chercheur indépendant , l’accés aux documents non floutés semble être impossible , il faut absolument passer par un organisme référent pour pouvoir les consulter.

    ou alors directement utiliser les herbiers ouvert a tous comme KEW ou MNHN

    si vous avez des solutions je suis preneur

    • Le 9 novembre 2013 par

      J’ai également été confronté au même problème. C’est dommage que ces données ne soient pas consultables plus facilement ...


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