A :

Catherine Reeb <catherine.reeb@s...>, Liste eFlore <tb-eflore@y...>

De :

Daniel MATHIEU <dmathieu@t...>

Sujet :

Re: Bases de données

Date :

25 Oct 2001 22:39

Bonjour Catherine, et merci d'avoir pris le temps de ta longue réponse...

> je serai ravie de participer à ces projets, mais j'hésite il est vrai à me
> lancer, à cause du manque de temps; il n'y a rien de plus terrible que de
> s'engager de bonne foi dans un projet, puis de patauger par manque de temps et
> de disponibilité. Je commence juste un travail de recherche sur la description
> et l'identification des Hépatiques d'Europe via des outils informatiques (XPer
> développé au labo et Delta Access),...plus les enseignements...c'est un peu la
> course...
> C'est en tout cas avec plaisir que notre labo pourra essayer de répondre à ces
> questions, d'autant plus que je suis moi-même botaniste (pas émérite, mais en
> tout cas passionnée).

Le plus simple pour suivre les débat est de t'inscrire à la liste de
discussion tb-eflore. Il n'y a pas beaucoup de messages, mais ils sont
précis et complets. Pour t'inscrire va à :
http://fr.groups.yahoo.com/group/tb-eflore/
 
>> 1) comment y voir clair entre toutes les initiatives liées aux bases de
>> données botaniques actuellement en chantier. Je cite pêle-mêle : GBIF,
>> REFTAX, MEDCHECKLIST, SPECIES 2000, EURO + MED... Connais-tu quelqu'un qui
>> pourrait faire une synthèse globale sur ces différents projets, leurs
>> commanditaires et maîtres d'¦uvres, leurs relations de dépendance, etc. Une
>> telle synthèse serait hautement appréciées par l'ensemble des botanistes.
> 
> Quelle forme peut prendre cette synthèse? Si c'est une intervention, le pb est
> de savoir dans quel cadre elle peut se faire, si c'est sous forme de synthèse
> écrite ou sur le Web diffusée aux botanistes, celà parait plus simple. Nous
> venons d'en discuter avec Régine Vignes-Lebbe; des interventions ont été
> faites par Nicolas Bailly dans ce sens,  comparant les projets existants;
> Régine elle-même intervient dans divers cursus sur ce thème. Il serait
> envisageable d'effectuer une synthèse écrite de leurs interventions et d'en
> faire un document que l'on diffuserait aux botanistes, c'est une tache à
> laquelle je pourrai m'atteler .

Mon idée était une synthèse mise en ligne sur le site TB au format HTML et
d'en faire l'annonce sur les listes. L'objet n'est pas de rentrer dans tous
les détails, mais d'avoir une carte permettant de comprendre les sigles, la
nature des projets, leurs enjeux et leurs interrelations.
Si tu peux faire ça, ça serait effectivement très bien.
On se chargera de le mettre au bon format, fait au mieux pour toi.
 
>> 2) base de données bryologie. Tu connais le travail qu'à fait Benoît BOCK en
>> mettant en BDD l'index de Kerguélen. Je crois qu'il travaille à faire de
>> même avec une liste de bryophytes, mais je ne sais pas laquelle. Je pense
>> qu'il faut que vous suiviez cela de très près.
> 
> bien sur je connais le travail de Benoit Bock . pour les Hépatiques et je
> viens de mettre au propre (sous Access) l'index de synonymie proposé en 2000
> par Schumacker . Si celà l'interesse, je lui envoie. Effectivement, la
> nouvelle association française de bryologie dont Elisabeth Dodinet fait
> partie et moi également devrait suivre ce projet de près.

Benoît recevra l'information.
 
>> 3) modèles de données : il s'agit d'un problème important. Les botanistes
>> qui travaillent sur ce sujet doivent communiquer entre eux pour échanger
>> leurs infos. Sur le groupe eflore plusieurs personnes réfléchissent à des
>> outils pour acquérir et restituer des données. Leurs réflexions doivent
>> prendre en compte les avis des personnes compétentes sur ces sujets, je ne
>> sais pas si c'est fait.

> Je vais passer ton mail à Guillaume Rousse qui est thésard chez nous et qui
> travaille justement sur cette question de la représentation standardisée des
> représentations taxonomiques afin qu'il te contacte. Un autre travail
> intéressant au labo porte sur la saisie coopérative sur le Web, avec système
> de validation, de suivi des modifications , mais encore là c'est au stade de
> "prototype" pour une thèse; par contre je suis persuadée que d'ici quelques
> mois ces projets pourront être très utiles à la communauté botanique. pour ce
> qui ets des " modèles de données " (qu'est ce que tu entends exactement par ce
> mot?) la première exigence est de structurer correctement les bases de données
> et puisqu'il y a des informaticiens dans le réseau, ce devrait être fait sans
> pb; j'ai regardé rapidemment la structure de la base de donnée proposée sur
> telabot, il me semble qu'on pourrait effectivement discuter de quelques points
> de structuration des tables, qui peuvent peut-être être simplifiées tout en
> proposant plus de possibilités d'évolution....mais la critique est facile,
> l'art etc...ceci pour dire que n'ayant pas pu discuter avec Frederic Legens,
> je me garderai d'une critique de son travail, il a sans aucun doute des
> raisons d'avoir organisé la base ainsi et elle a au moins le mérite d'exister!
> Par contre je serai disponible sans pb pour rencontrer ceux qui travaillent à
> ce projet, s'ils peuvent venir sur Paris. Le choix du langage XML est
> judicieux, c'est le grand "dada" de tous les chercheurs du labo. Le passage
> éventuel de cette base à d'autres outils de représentation devrait se faire
> sans pb par la suite, si le besoin s'en fait sentir.

Une coopération me semble en effet très intéressante. La façon la plus
simple est encore de s'abonner à la liste eflore citée ci-dessus. C'est par
là que se nouent les liens et peuvent s'organiser les rencontres.
 
> là encore, Guillaume Rousse est sans doute le mieux placé pour discuter de ces
> outils. Valéry Malecot par contre est le référent "nomenclature".

J'ai reçu un message de lui et je lui réponds.
 
> je rajouterai deux  thèmes pour lesquels je me sens plus à même de
> participer:

> 1) j'ai développé un prototype (encore un ...!!) de traitement de la
> bibliographie, non pas seulement en tant que stockage des informations sur
> l'origine des documents (revue,auteurs...), mais sur l'analyse du contenu des
> articles; les informations sont stockées dans une base de données et peuvent
> ensuite être traitées de multiples manières. Celà va  au delà (et c'est même
> sans rapport) du le système des mots clés ou des thesaurus. Il y a encore du
> travail, mais si certains sont interessés il y aurait moyen de tester ce
> programme pour des biblios portant sur des thèmes précis (biblio sur une
> espèce ou sur un groupe d'espèces - par exemple j'ai traité  la biblio portant
> sur les bryophytes épiphytes)

Ce travail pourrait peut être être intéressant pour notre projet
"BiblioBota" qui vise à référencer l'ensemble des articles botaniques
francophones et piloté par Tamara LE BOURG. (tamara@t...)

> 2) sur les pbs d'identification et de description des taxons via les outils
> infos (générarion de clés, identification en ligne...), ce qui est le thème
> majeur de notre labo.

Concerne le projet eflore au premier chef
 
> Bon, voilà quelques réflexions, un peu dans le désordre. Le mieux serait
> effectivement d'ne parler de vive voix. Je peux envisager de descendre dans le
> Sud pour une journée, ou peut-être viens tu sur Paris?
> amicalement
> Catherine

Tout comme nous avons organisé une rencontre Tela Botanica générale à
Montpellier, il est possible de provoquer une rencontre thématique avec les
personnes intéressés. Il y aura beaucoup moins de monde et cela peut se
faire au plus près des personnes les plus concernées.

Qu'en pense Frédéric LEGENS ?
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Daniel MATHIEU
Tela Botanica
Le Réseau des Botanistes Francophones
dmathieu@t...
http://www.tela-botanica.org