Réunion "pôle botanique" du 20 septembre 2006 (en cours)

Présents :

• Benoit GARRONE
• Joel MATHEZ (intermittence)
• Valery MALECOT
• Bruno CORNIER
• Daniel MATHIEU (intermittence)
• Hélène RUSCASSIE

Points abordés

Avancement du projet

• Echéance au 8 novembre, demande de décalage à fin 2006 en cours.
• Objectif numérique non atteint mais avancées techniques, théoriques et méthodologiques, sur la mise en ligne, fonctionnement en réseau / analyse participation, ... => RECHERCHE !!
• Objectif de fin de contrat: améliorer la mise en ligne (double entrée par deux interfaces différentes, présentation attractive et participative, technique), relancer la participation (appel), améliorer le nombre de taxons "corrects", ontologie en partie en fonctionnement.

Questions posées
Les points restés en suspens suite à la précédente réunion:

• 1. Ontologie:
  • public ou usage visé: international ou adapté aux connaissances françaises, notamment morphologiques ? si oui, quelles adaptations ?
  • relecture / validation scientifique: appel général ou personne/comité précis ?
• 2. Validation scientifique des bases:
  • appel aux membres du réseau (validation par l'usage)
  • comité de botanistes ? Collaboration avec le CBNMéd ?
• 3. Améliorations d'XPER:
  • liste avec taux de correspondance OK => financement pour Guillaume...
  • discussion autour des îlots (="étages intermédiaires"...)
• 4. Avenir ...

Détail des discussions

• 1. Ontologie botanique en français

Leur morphologie végétative est beaucoup moins spécialisée que la nôtre, mais dans d'autres cas ils ont beaucoup de mots alors qu'il n'y en a pas besoin.
Ex: d'un essai d'Edimbourg (2003 environ): travail à partir du Radford puis les groupes qu'ils connaissaient, pour lesquels ils avaient des spécialistes, d'où plus pointus: décalage entre les degrés de précision.
Danger: terme hyperspécialisé (voire trop) ou hypergénéraliste (s'applique à n'importe quoi).
Prometheus: choix de périphrases mais dans les faits certains mots se rapportent à des groupes très précis: non homogène de ce point de vue.
=> Si Prometheus est encore en cours, faire une proposition de collaboration pour travailler sur les points où l'on pense etre plus forts, et une fois fait le travail sera mis à leur disposition.
=> d'où: peuvent-ils nous transmettre leur logiciel de construction du fichier .xml ?

Au final
=> Adapter au plus près du sens mais en "langue française" tout de même :
- définition dans littérature française au plus proche du sens, ou mot à mot si logique.
- si la définition est plus précise ou différente en français, l'indiquer dans les commentaires (facilement identifiable).
Sources: Gatin, Botanical Latin, Font Quer, Bell ?, site de Daniel Chicouene
=> Relecture: Joel.
=> Futur : garder l'idée de collaboration dans un coin de la tête.

• 2. Validation scientifique des bases
  • Faire compléter en faisant appel à des réseaux de botanistes et des associations: Ecolos, Gentiana, SHHNH, SBF (Valery), AMBHHC (H -> JS), Actu InflorAlhp?, ... test par les étudiants (J-> Eric Imbert)?
  • Participation à la validation du CBNMéd (James MOLINA, Frédéric ANDRIEU)
  • Rédiger un article (sur les avancées) ET un appel à participation.

=> Rédiger un mode d'emploi "Pour participer", expliquant comment compléter les critères manquants.

• 3. Améliorations d'XPER

Test de BC à partir du "Livre des arbres..." de Lieutaghi, but: arriver à l'étage "genre" par un chemin différent... (sans passer par la voie "taxonomique" classique, c'est à dire sans passer par la famille botanique, ce qui évite de faire appel aux caractères floraux pour lesquels la période d'observation est limitée).
Cela permet de bien réduire le champ d'étude mais ne permet pas d'aller toujours jusqu'à l'identification spécifique: on arrive à un résultat très hétérogène (des genres des espèces). => Bases nécessaires pour chaque combinaison de choix de caractères donc plus il y a de caractères, plus il faut faire de bases sous-jacentes.
Ex: [ici 2-3 critères (dont ligneux donc peu de sp.) et ?] Dans l'exemple des "ligneux" (relativement peu d'espèces), il faut déjà en amont :

• une base Xper de 1er niveau pour aboutir à 10 groupes morphologiques à partir de quelques caractères (descripteurs),
• puis une base Xper de second niveau pour chacun de ces groupes morphologiques (donc 10 bases) permettant d'identifier des espèces ou des genres.
• puis losqu'on aboutit seulement au genre avec la base de second niveau, une base de 3ème niveau pour le genre (on retrouve là des bases Xper de type taxinomique sur un genre botanique telles que celles qui ont déjà été réalisées).

! Les deux premiers niveaux ne sont pas nécessairement des taxons (approche indépendante de la taxonomie)
Ce doit être possible pour les ligneux, et souvent sur les critères végétatifs => intéressant de voir le résultat.
Rq: Impossible de faire des liens directs d'une base vers la suivante (d'un niveau à l'autre), mis à part des liens simples dans le champ "définitions" de l'étage d'arrivée.
Choix des bases ? :
- tous les taxons: dur dur;
- ilots morphologiquement définis les plus simples: base ligneux, tel groupe, ...
=> Groupe de réflexion, notamment si nous pouvons présenter quelque chose de bien accessible et démonstratif, avec des étudiants par exemple, et leur demander leur avis ? Ex: comment arriver au genre ?

[Mode d'identification Xper ?
Pour l'utilisation c'est le plus simple: permet des coupes sombres, puis... se complique : possibilité de se tenir à une liste de possibilités.]

Idée: Créer une bibliothèque d'images, pour les éléments (critères et états) souvent retrouvés dans plusieurs bases.

• 4. Avenir ...
  • Actuellement Java reste une barrière (technique et psychologique) mais qui devrait rapidement disparaître (de plus en plus répandue).
  • Public: les personnes qui travaillent sur les mauvaises herbes, sur les caractères végétatifs, ... Logique => réflexion sur l'accessibilité : lien avec le CIRAD => Aspect descriptif exhaustif pratique visuelle = fusion des 2, résultats ?
  • Idée: équivalent de la Flore portative de Bonnier, public étudiant. Permet une accumulation de connaissances ensuite facilement transférable à d'autres projets, par approche morphologique puis taxonomique.
  • Pour la flore de France: prendre la liste de P. Julve ( restrictive?), choisir 15-20 critères (certains déjà utilisés dans des bases, ceux de Julve? autres?) et les faire remplir collaborativement par les membres du réseau.

Réflexions à poursuivre

• Choix des bases, taxons traités par approche morphologique, pour l'instant test sur les arbres par BC.
• Idées développées dans "Avenir"

• Contact CIRAD (Pierre Bonnet, Pierre Grard, Juliana Prosperi)
• Achat Flora Helvetica 2.0, 110 euros (Gibert, Belin)

NB: Une base des ressources pour faire une base et modes d'emploi ? (photo: qui détermine ?, herbier: compléter détermination, critères: ressources humaines, ...)

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