Un grand projet : la numérisation des collections naturalistes lauréate des Infrastructures Nationales en Biologie et Santé

Le projet E-ReColNat est l’un des 11 lauréats de l’appel à projets « Infrastructures Nationales en Biologie et Santé » du programme d’Investissements d’Avenir, il bénéficiera de 16 millions d’euros sur 5 ans. Coordonné par le Muséum national d’Histoire naturelle en partenariat avec l’Université Montpellier 2, le PRES Clermont-Université, l’Université de Bourgogne, l’IRD, l’INRA, le CNAM, Tela Botanica et Agoralogie, E-ReColNat a pour objectif de réunir l’ensemble des données des collections françaises d’histoire naturelle sur une même plateforme informatique, au service de la recherche et de l’expertise sur la biodiversité. Les résultats de l’appel à projets « Infrastructures Nationales en Biologie et Santé » ont été dévoilés par Laurent Wauquiez, Ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. Tela Botanica est partenaire du projet

A travers leurs collections, les naturalistes documentent scientifiquement l’état de la diversité naturelle depuis plus
de 350 ans (en paléontologie, ils couvrent même plusieurs millions d’années). Les collections d’histoire naturelle,
estimées à 100 millions de spécimens en France, sont donc une des sources d’informations irremplaçables pour
appréhender et modéliser le changement global depuis le début de l’ère industrielle. En effet, au moins pour les
périodes les plus anciennes, seuls les spécimens conservés dans les collections d’histoire naturelle peuvent fournir
des données valides, puisque leur identification peut être réévaluée selon la taxinomie actuelle.

Réparties sur plusieurs dizaines d’établissements, musées, universités, instituts de recherche et associations, les
collections naturalistes françaises constituent la Très Grande Infrastructure de Recherche ReColNat. E-ReColNat
est la partie informatique de ReColNat. Elle sera ouverte à un partenariat avec les institutions gestionnaires de
collections dans les pays du Sud, et constituera une grande plateforme de données sur la distribution des espèces
au cours du temps. Les données ReColNat seront intégrées dans les programmes nationaux français comme ceux
de l’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN) et mis à disposition au niveau international via le GBIF-France
(Global Biodiversity Information Facility). E-ReColNat s’inscrit dans des initiatives internationales telles qu’e-
Biosphere ou le programme européen LIFEWATCH.

E-ReColNat comporte trois volets :
– L’acquisition rapide et à bas coût de données brutes (jusqu’à 17 000 images par jour). En raison de
techniques déjà testées sur les collections du Muséum national d’Histoire naturelle, l’accent sera mis sur la
numérisation massive des herbiers. Pour les collections de l’Outre-Mer français (collections de l’IRD en Guyane
et Nouvelle-Calédonie, et de l’INRA en Guadeloupe), des dispositions particulières ont été mises en place pour
permettre une numérisation locale selon des procédés plus traditionnels (scanners et photos). Fort de
l’expérience acquise dans l’informatisation et la numérisation des spécimens types* de botanique et de
paléontologie, le projet permettra de réaliser la base de données de référence pour les spécimens types de
zoologie. Plus de 60 partenaires de la France entière sont impliqués dans ce volet. La numérisation automatisée
en 3D n’étant pas encore opérationnelle, l’acquisition de données en zoologie, paléontologie et géologie portera
sur l’inventaire des spécimens types et figurés (spécimens de référence pour la nomenclature internationale) en
associant des données validées à des photographies.

– Le traitement de ces données (vérification, re-identification, renseignement des champs structurés) et leur
intégration dans une base de données utilisable pour la recherche et l’expertise. Ce second volet nécessite de
mobiliser toutes les ressources humaines disponibles, c’est-à-dire les taxonomistes professionnels comme les
amateurs. Dans ce but, le projet mettra en place des outils collaboratifs de « sciences citoyennes » de type
web 2.0.

– La création d’un portail permettant d’offrir l’accès aux spécimens pour des demandes de prêts, consultations,
prélèvements et extraits.

Partenaires de E-ReColNat
– Muséum national d’Histoire naturelle
– Université Montpellier 2
– PRES Clermont-Université
– Université de Bourgogne (UMR uB-CNRS 6282 Biogéosciences – Trans’Tyfipal®)
– IRD (UMR 123 AMAP)
– INRA (UR1321 ASTRO)
– CNAM (EA 4420 DICEN)
– Tela Botanica
– Agoralogie
Avec le soutien du CNRS-INEE, CNRS-INSU et de l’AllEnvi.

Communiqué de presse

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Photo d’illustration : Genêt d’Espagne – Genista hispanica L., par Thomas SIBERFELD, image issue de la galerie d’images du CEL.