Quels caractères décrire lors de l’analyse des images d’herbier ?

Le projet Herbadrop (intégré au projet européen EUDAT2020) vise à développer des services innovants pour l'extraction de métadonnées des planches d'herbier numérisées. L'objectif est notamment la conservation à long terme de ces planches et des métadonnées qui les accompagnent.

Le projet Herbadrop (intégré au projet européen EUDAT2020) vise à développer des services innovants pour l’extraction de métadonnées des planches d’herbier numérisées. L’objectif est notamment la conservation à long terme de ces planches et des métadonnées qui les accompagnent.

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Dans le cadre du projet Herbadrop, la puissance de calcul du CINES (Centre Informatique National de l’Enseignement Supérieur) a été mise au service de l’OCR (Optical Character Recognition) des planches d’herbier, procédé de numérisation des étiquettes. Plus de 4,5 millions d’images ont ainsi été passées à la moulinette… en (seulement) 200 000 heures de travail !

Aujourd’hui, d’autres analyses peuvent être menées sur ces images et d’autres métadonnées peuvent en être extraites. Par exemple, le traitement des planches d’herbier numérisées peut permettre de caractériser :
– les fleurs (présence, nombre, …)
– l’inflorescence (présence, type, …)
– les feuilles (forme, nombre, position sur la tige, …)
– la tige (ligneuse, herbacée,…)

Afin d’identifier puis mettre en place les analyses les plus adaptées Tela Botanica, en partenariat avec le CINES, a besoin de vous ! Vous pouvez participer de plusieurs façons :

1. Tout d’abord, en nous indiquant simplement les caractères qu’il serait intéressant de décrire d’après votre expérience.

2. D’autre part, vous pouvez nous transmettre les références de logiciels d’analyse d’image que vous utilisez, vous avez testé ou simplement dont vous avez entendu parler, et qui seraient adaptés au traitement d’images botaniques (à l’instar de ceux répertoriés sur le site plant-image-analysis.org) . Les logiciels suggérés seront testés, dans le but de les intégrer à la routine de traitement des images d’herbier.

3. Enfin, nous cherchons des volontaires en mesure d’évaluer les résultats produits par ces nouveaux traitements. Cela vous demandera une journée ou deux courant octobre-novembre, avec notamment une possible visite du CINES (Montpellier, 34).

Vous pouvez contribuer en écrivant à l’adresse suivante : laura@tela-botanica.org.

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Image d’illustration : Spécimen de Viola hirta, Muséum national d’Histoire naturelle, Paris (France), Collection : Plantes vasculaires (P), licence CC-by 4.0

1 commentaire

  1. Il semble difficile de faire une réponse générale. Une simple photo ne peut montrer tout ce qui sert car parfois il faut disséquer ou alors il faudrait passer les échantillons aux rayons X, ne serait ce que pour voir des architectures d’inflorescences denses (ex. Bromus molliformis Lloyd que j’ai étudié cette année) ou l’anatomie des chaumes d’Eleocharis (article en 2016). Au moins tous les caractères de morphologie comparée entre taxons proches employés dans la bibliographie et des supplémentaires peuvent être importants. Par ex., j’ai 8 articles depuis 2002 dans le bull.Soc.Et.Sc.Anjou à partir d’échantillons d’herbiers d’auteurs de Flores et/ou parfois parrains du nom d’sp. Ainsi en 2013, j’ai fait une révision d’Avena et retracé l’historique d’erreurs de caractères distinctifs rencontrées dans des Flores. cf ma page web ‘dc.plantouz’

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