10 millions de spécimens de collections naturalistes en ligne

L'infrastructure de recherche Recolnat fête son 10 000 000 ème spécimen ! Une belle occasion pour (re)présenter tous ses travaux et outils !

Les collections naturalistes ne sont pas que végétales. En effet si plus de 8,8 millions de ces spécimens sont des échantillons d’herbier le petit dernier, le 10 000 000 ème est un spécimen de nautile fossile des collections de l’université de Bourgogne.

Ce faisant voici donc une très courte digression éditoriale  pour vous présenter quand même ce spécimen.
Ce n’est pas n’importe quel fossile en plus, il s’agit de l’holotype de Paracenoceras spinatum Tintant, 1989.

Photo de Paracenoceras spinatum Tintant, 1989 holotype
Paracenoceras spinatum Tintant, 1989 - Université de Bourgogne

Le mot de Marc Pignal, directeur de l'infrastructure

Spécimen d'Agapanthus umbellatus - MNHN
Spécimen d'Agapanthus umbellatus par Muséum national d'Histoire naturelle, licence CC-BY

Un grand merci à tous les collègues qui ont travaillé à numériser les collections au Muséum, mais aussi chez les 50 partenaires que compte l’infrastructure. Dix millions, cela correspond à 10 % des collections évaluées au niveau national (100 millions d’objets estimés). L’infrastructure RECOLNAT coordonnée par le MNHN, enrichit le GBIF international depuis 2013 et participe à son niveau à l’inventaire de la biodiversité mondiale.

Atteindre ce corpus n’a pas été l’unique affaire de RECOLNAT, puisque les opérations d’informatisation et de numérisation ont commencé bien avant : ce sont donc les efforts de toutes les équipes, l’herbier national, les équipes en zoologie et en paléontologie qui travaillent depuis les années 1990 à renseigner et numériser nos collections. Une pensée personnelle à Jean-Noël Labat et Joël Mathez qui nous ont quittés, et avec qui nous avons été à l’origine des opérations d’informatisation et de numérisation des herbiers.

Je n’oublie pas non plus la coopération avec nos collègues de Rabat dans le domaine des herbiers.

Mais l’aventure continue, les muséums d’histoire naturelle et plusieurs établissements universitaires en France participent aujourd’hui à l’enrichissement de cette collection virtuelle.

Les collections sont aujourd’hui reconnues comme des instruments de recherche à part entière.

Marc Pignal
Directeur de l'infrastructure Recolnat
Muséum national d'Histoire naturelle

Recolnat

Depuis quelques années, le double constat des menaces qui pèsent sur la biodiversité et des lacunes de la connaissance en la matière se traduit par un regain d’intérêt pour les énormes réservoirs d’informations sous-exploitées que constituent les collections naturalistes. Les collections naturalistes françaises, dispersées à travers une multitude d’institutions de taille et statuts variés, constituent ainsi une source de connaissances unique et irremplaçable enrichies depuis 350 ans.

Les collections naturalistes ont fondamentalement un double rôle : d’une part le rôle traditionnel de référence, et d’autre part celui de gigantesque campagne d’observations. En outre, l’inventaire de la biodiversité commence par l’identification des espèces et de ce point de vue les collections constituent un terrain d’exploration de même ampleur que les « hot spots » de la biodiversité car au delà des spécimens types, la collecte de séries a permis de constituer au cours du temps une masse de matériel qui reste à étudier.

Faciliter l’exploitation des ces masses de données inaccessibles jusque-là va donc permettre d’accélérer l’inventaire de la biodiversité mondiale, ainsi que la mise au point et la calibration de modèles prédictifs des modifications des flores et des faunes sous l’impact des changements globaux. A ces objectifs premiers s’ajoutent d’autres perspectives de valorisation scientifique, dans les domaines de la biologie, de l’écologie et de l’évolution des végétaux, de l’ethnobotanique et de la linguistique. Premiers acteurs de l’inventaire de la biodiversité, de nombreux muséums et institutions de par le monde ont entrepris l’informatisation de leurs collections. Cependant, faute de moyens suffisants et/ou de méthodes et outils à la hauteur de cette tâche gigantesque, peu sont aujourd’hui en mesure d’offrir à la communauté scientifique les moyens d’exploiter efficacement les ressources contenues dans ces réservoirs de données, et surtout dans les domaines scientifiques autres que la systématique.

L’infrastructure e-ReColNat se veut l’outil qui permettra de réunir virtuellement l’ensemble des acteurs capables, ensemble, de rendre disponibles et utiles les informations contenues dans les collections. Cela passe par la création d’une banque d’images et des outils collaboratifs pour l’exploiter. La mise à disposition des images permettra l’accès aux images à l’ensemble de la communauté des systématiciens, professionnels et amateurs.

En outre, une telle banque d’images sera un objet d’étude sans équivalent pour des recherches dans le domaine de l’indexation multimédia, de la recherche interactive par le contenu et de la visualisation. Les communautés scientifiques visées par e-ReColNat sont en premier lieu celles des biologistes qui s’intéressent à des sujets comme l’inventaire de la biodiversité, la modélisation de la vie ou la phylogénie. Au-delà de ces communautés, l’archivage d’objets convenablement renseignés intéresse aussi celles qui travaillent sur les changements globaux.

C’est ainsi qu’a commencé l’aventure de l’infrastructure en 2012 !

Les partenaires

Recolnat c’est 12 membres fondateurs et plus de 50 institutions partenaires !

Les fondateurs

  • Le Muséum National d’Histoire naturelle
  • L’Université Montpellier
  • L’Université Clermont Auvergne & associés
  • L’Université de Bourgogne
  • L’Institut de recherche pour le développement (IRD)
  • Le Conservatoire National des Arts et Métiers (CNAM)
  • Tela Botanica
  • Agoralogie
  • Global Biodiversity Information Facility (GBIF) France
  • Le Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
  • L’Agence nationale de la recherche
  • Investissement d’avenir

Les collections

Que trouve t-on dans ces 10 millions de spécimens ?

  • + de 760 000 spécimens de zoologie
  • + de 420 000 spécimens de paléontologie
  • + de 8 800 000 spécimens de botanique

D’où proviennent ces  8,8 millions de spécimens d’herbier ?

Parmi les plus gros fournisseurs :

  • 5,4 millions proviennent de la collection de plantes vasculaires de l’herbier du Muséum national d’Histoire naturelle (P) et 470 000 de la collection de cryptogames (PC).
  • Plus d’un million proviennent de l’herbier de l’Université de Montpellier (MPU)
  • 600 000 viennent de l’herbier Roland Bonaparte conservé à l’Université Claude Bernard de Lyon (LY)
  • Près de 300 000 sont issus de l’herbier de l’Unvisersité de Clermont-Ferrand (CLF).
  • etc.

Et en bonus toutes ces images sont en licence Creative Commons BY 4.0 !

Les outils

Depuis le recensement des collections à la documentation des spécimens, Recolnat vous propose des outils en libre accès pour tout ! Découvrez-les !

Collections en Ligne

Collections en Ligne est un outil de saisie et également de visualisation des collections naturalistes . En version saisie il permet aux conservateurs et particuliers de faire des inventaires et recenser toutes leurs collections.
En version consultation il permet à quiconque de rechercher dans quelle institution se trouve les collections qu’il souhaite consulter.

C’est surtout un outil collaboratif permettant à tous de renseigner et compléter les informations contenues !

Cartographie des collections recensées.

Contrôle qualité

Cette application permet de contrôler les images issues de la numérisation des collections et de s’assurer ainsi de leur qualité.

Explore

Explore est l’interface de visualisation et de recherche de toutes les données !

Le collaboratoire

Le collaboratoire permet à quiconque de travailler directement sur les images de toutes les collections ! C’est un peu l’équivalent de la paillasse, mais sur le web et avec des outils intégrés ! Mesures, annotations, faîtes toutes sortes de recherche et travaux.

Annotate

Annotate est une application standalone à télécharger sur votre PC  permettant également de faire toute sortes de mesures, notamment sur vos propres photographies !

Les Herbonautes

C’est LE programme de science participative de Recolnat !

Il permet à toute personne de contribuer au renseignement des informations contenues sur les spécimens et ainsi de favoriser leurs accessibilité et utilisation dans les programmes de Recherche.

Avec un air ludique ce programme vous propose de participer à diverses missions thématiques proposant des collections naturalistes en manque d’informations.

A vous de renseigner leur provenance, leur récolteur, leurs numéros et même leur géolocalisation !
Les écritures manuscrites gothiques, les pays aux frontières mouvantes au fil des siècles et les noms de localités improbables deviendront vite votre credo !

Allez n’attendez plus, devenez vous aussi un Herbonaute !

Les Herbonautes va faire de vous un véritable enquêteur !

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