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Sujet de thèse CESCO : recherche des mécanismes de réponse des communautés végétales aux changements globaux

Le Centre d’Écologie et des Sciences de la Conservation du Muséum national d'Histoire naturelle recherche des candidat⋅es titulaires d'un Master pour postuler au concours de l’École doctorale du Muséum.

Contexte

Les études démontrant un déclin de la biodiversité chez les animaux s’accumulent [1-2], mais l’identification fine des mécanismes responsables reste difficile, notamment parce que les différentes causes plausibles sont souvent corrélées les unes aux autres. A titre d’exemple, la controverse persistante sur le rôle réel des pesticides dans le déclin de la biodiversité des milieux agricoles vient en grande partie de cette difficulté à isoler un facteur parmi beaucoup d’autres liés à l’intensification agricole. Chez les plantes, il existe encore peu d’études démontrant des déclins d’espèces ou des changements de compositions des communautés végétales, sauf pour des espèces rares et menacées, ou dans certains environnements sensibles [3]. Avec le programme de science participative Vigie-flore, nous avons mis en évidence des variations d’abondance significatives pour plusieurs centaines d’espèces communes, ainsi que des modifications de la composition des communautés (thèse G. Martin, 2018). Des premières analyses suggèrent que ces changements sont liés au réchauffement climatique et au déclin des pollinisateurs, mais la causalité de ces mécanismes reste à démontrer. L’objectif principal de la thèse est donc de rechercher les mécanismes responsables des changements contemporains observés dans la flore commune de France métropolitaine, en mobilisant des approches par traits et une description fine des causes environnementales plausibles.

Références citées

[1] Sanchez-Bayo & Wyckhuys. 2019. Biol. Cons. 232 :8-27

[2] Ceballos et al. 2017. PNAS. 114:E6089-E6096

[3] Steinbauer et al. 2018. Nature. 556:231–234

[4] Durka & Michalski. 2012. Ecology 93, 2297–2297.

Missions

Pour cela, le/la doctorant.e mobilisera les données de Vigie-flore, un programme participatif de suivi de la flore impliquant des botanistes amateurs mais experts ; nous disposons actuellement de 10 ans de données sur plus de 3000 placettes de 10m² réparties dans 580 sites sur tout le territoire métropolitain. Outre la caractérisation des changements de composition des communautés à chacune de ces 3000 placettes, ces données permettent notamment de calculer des tendances temporelles d’abondance pour 550 espèces communes.

(1) Quelle relation entre traits des espèces et tendances temporelles ? Pour les 550 espèces communes, le/la doctorante compilera une base de données de traits de réponse, incluant notamment les préférences écologiques des espèces (indices d’Ellenberg pour la température, la nitrophilie, le pH du sol, l’humidité, etc…), leur dépendance aux pollinisateurs, leur cycle de vie, leur capacité de dispersion… A partir de ces traits, il s’agira d’identifier les meilleurs prédicteurs des tendances temporelles des espèces de plantes, et de déterminer s’il est possible d’isoler un ou plusieurs traits expliquant les tendances temporelles (éventuellement en interaction) tout en prenant en compte la phylogénie des espèces [4].

(2) Quelles variables environnementales sont associées aux changements de composition des communautés végétales ? Le⋅a doctorant⋅e analysera comment les tendances temporelles dans la composition des communautés (diversité spécifique, traits moyens) peuvent être reliées à plusieurs variables environnementales décrivant des mécanismes probables de changement (indiqués ici entre parenthèses), et en particulier : l’occupation des sols et la diversité des paysages (destruction des habitats naturels), la météo (données Chelsa et E-Obs, changements climatiques), l’abondance, la diversité et l’efficacité des pollinisateurs (déclin des pollinisateurs), l’utilisation de pesticides (pollutions ; collaboration ANSES). Les variables liées aux pollinisateurs seront estimées grâce aux données du Suivi Photographique des Insectes Pollinisateurs, un programme de sciences participatives animé par le CESCO, pour l’abondance et la diversité ; par un nouvel indicateur du service de pollinisation construit pendant la thèse de G. Martin (Martin et al. 2019).

Profil recherché

Le⋅a doctorant⋅e aura un master d’écologie, avec de solides connaissances en écologie des communautés et des compétences fortes en analyse de données (modèles linéaires (mixtes), analyses multivariées, régressions phylogénétiques). Des compétences en botanique seraient un plus, pour que le⋅a doctorant⋅e puisse participer à la récolte de données.

Poste et conditions

Encadrement : Emmanuelle PORCHER (emmanuelle.porcher@mnhn.fr)

Lieu de la thèse : UMR 7204 Centre d’Ecologie et des Sciences de la Conservation (cesco.mnhn.fr), équipe « Ecologie des communautés, macroécologie et conservation » (https://comacparis.wixsite.com/comac-group)

Si le sujet est financé par l’Ecole Doctorale, la thèse commencera à la rentrée 2019. Possibilité de demander une mission doctorale couplée à la thèse.

 

Modalités de candidature

Les candidatures doivent être déposées en ligne sur le site du MNHN.

Je recommande de me contacter (emmanuelle.porcher@mnhn.fr) avant de déposer une candidature, mais ce n’est pas obligatoire.

Date limite de candidature le 3 juin 2019. Des entretiens seront organisés après le 3 juin pour retenir un⋅e candidat⋅e qui passera le concours de l’Ecole Doctorale (du 1er au 3 juillet 2019).

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