Stage : Mécanismes de changements de composition des communautés végétales en France, conséquences pour la production d’indicateurs

Les plantes vasculaires sont un groupe central dans le fonctionnement des écosystèmes terrestres, car elles représentent une fraction importante de la biomasse et sont à la base de la plupart des chaînes trophiques et des réseaux d’interactions mutualistes. Bien que ce groupe soit actuellement très bien étudié, il existe très peu de données permettant de quantifier les changements actuels de composition des communautés végétales terrestres et d’identifier les mécanismes de ces changements. C’est tout l’objet des suivis participatifs de Vigie-Nature, qui ont été mis en place pour collecter des données standardisées sur l’abondance des espèces communes et la composition des communautés à larges échelles spatiales et temporelles. En particulier, le programme Vigie-flore a mis en évidence des variations d’abondance significatives pour plus de 500 espèces communes en France, ainsi que des modifications de la composition des communautés (thèse G. Martin, 2018). Des premières analyses suggèrent que ces changements sont liés au réchauffement climatique, mais aussi au déclin des pollinisateurs, avec des déclins plus marqués chez les plantes dépendantes des pollinisateurs. Cependant la causalité de ces mécanismes reste à démontrer.

Rechercher les mécanismes responsables des changements de la flore commune de France métropolitaine, et réfléchir à l’élaboration d’indicateurs pour la flore afin d’évaluer les impacts des changements globaux sur les communautés.

Pour cela, le/la stagiaire mobilisera les données du programme Vigie-flore (12 années d’échantillonnage dans plus de 3000 placettes de 10m² réparties dans 580 sites sur tout le territoire), des approches par traits et une description fine des causes environnementales plausibles pour répondre aux questions suivantes :

• Quelles sont les tendances temporelles de la composition des communautés de plantes depuis 2009 ?
• Sont-elles reliées à des variables environnementales décrivant des mécanismes probables de changement tels que la destruction des habitats naturels, les changements climatiques, le déclin des pollinisateurs, ou l’utilisation de pesticides ?
• Comment ces informations peuvent-elles être mobilisées pour proposées des indicateurs de changement de la flore ?

Démarche expérimentale, méthodes et techniques proposées :

L’étudiant.e mobilisera des outils statistiques classiques (modèles linéaires généralisés mixtes) avec le logiciel R. Les données sont toutes directement accessibles, car les bases sont hébergées par l’équipe Vigie-Nature.

Rôle du stagiaire dans le déroulement du projet :

Le/la stagiaire calculera les tendances temporelles de divers indices de diversité et de traits moyens pour les communautés végétales et les reliera aux variables environnementales grâce aux analyses statistiques qu’il/elle mettra en œuvre avec les encadrantes.

Connaissances ou compétences acquises à l’issue du stage :

Le/la stagiaire sera formé.e aux statistiques pour l’analyse de gros jeux de données et aux problématiques liées à l’analyse de données de sciences participatives. Il/elle maîtrisera les questions et concepts liés à la modification de la biodiversité sous l’action des changements globaux.

Ce stage s’adresse à des étudiant.e.s en Master-2 ayant des connaissances/désirant s’orienter en écologie des communautés, écologie fonctionnelle, écologie de la conservation.

Le stage implique de bonnes connaissances statistiques et de bonnes bases de l’utilisation du logiciel R.

Un projet de thèse de doctorat est envisageable à l’issue du stage.

Durée du stage : 5 mois, le début du stage commençant en 2021.

Financements du stage obtenus. Le stage s’effectuera au MNHN à Paris (75005).

Description de l’équipe encadrante :

• Emmanuelle Porcher (Professeure au MNHN, Centre d’Ecologie et des sciences de la Conservation),
• Gabrielle Martin (Dr, Post-doctorante au MNHN, Centre d’Ecologie et des sciences de la Conservation)
• Mathilde Baude (Maître de Conférences de l’Université d’Orléans).

Pour candidater (ou pour toute question) : merci d’adresser par mail un CV, accompagné d’une lettre de motivation à emmanuelle.porcher@mnhn.fr, gabrielle.martin@mnhn.fr et mathilde.baude@univ-orleans.fr, le message aura pour objet « Candidature au stage de M2 sur la flore ».

Date limite de candidature le 30 novembre, audition des candidat.e.s au fur et à mesure de la réception des candidatures.