conservatoire botanique alsace

Stage : Inventaire des Characées

Le Conservatoire botanique d’Alsace (CBA) propose un stage de 6 mois.

Contexte

Le Conservatoire botanique d’Alsace accompagne les collectivités et les services de l’Etat dans leur politique de conservation du patrimoine naturel en exerçant quatre missions :

  • l’amélioration de la connaissance de l’état et de l’évolution de la flore sauvage et des habitats naturels et semi-naturels ;
  • l’identification et la conservation de la flore et des habitats rares et menacés ;
  • l’apport de concours scientifique et technique auprès des pouvoirs publics (Etat, collectivités territoriales) ;
  • l’information et la sensibilisation du public.

Les Characées sont des algues vertes ramifiées occupant les écosystèmes d’eaux douces. En France métropolitaine, elles sont représentées par une quarantaine d’espèces regroupées dans quatre genres, et essentiellement les genres Chara et Nitella.

En diagnostic écologique, ces espèces sont souvent caractéristiques d’eaux oligotrophes, « de bonne qualité ». Elles fixent le calcaire et réduisent la turbidité de l’eau. Elles peuvent être dominantes dans certaines communautés de plantes aquatiques, voire structurer à elles seules de véritables herbiers. Ces herbiers représentent des habitats à forte valeur patrimoniale, d’après l’annexe I de la Directive Habitat de l’Union Européenne désignant les habitats naturels d’intérêt communautaire (Habitat 3140). Ce sont en outre des milieux indispensables à certains animaux pour leur alimentation et/ou leur reproduction.

Une partie de ces espèces sont néanmoins rares, menacées voire protégées, et parfois régionalement éteintes. Puisque ces espèces sont majoritairement pionnières et sensibles à la qualité de l’eau, elles sont fortement menacées par l’eutrophisation des eaux de surfaces, l’assèchement des résurgences et ruisseaux phréatiques, et la gestion hydraulique des cours d’eau. Cependant, les données de distribution de ces espèces sont souvent trop parcellaires pour définir leur statut de conservation. De plus, leur identification est difficile et généralement impossible sur le terrain car leur petite taille rend indispensable les observations microscopiques. Cette identification ardue explique le déficit de connaissance pour ce groupe d’espèces. Néanmoins, ce déficit a été progressivement comblé dans plusieurs régions, à l’instar de la Franche-Comté, du Sud-Est de la France, de l’Ile de France, à titre d’exemples.

Le principal objectif de ce projet est donc d’améliorer la connaissance sur la distribution des characées sur le territoire alsacien par la réalisation d’un premier inventaire de terrain.

En 2022, un groupe d’étudiants co-encadrés par le Conservatoire botanique d’Alsace et l’Université de Strasbourg a préparé la réalisation de cet inventaire par :

  • L’agrégation des données existantes ;
  • La synthèse bibliographique des études et publications sur la famille ;
  • La mise en place d’un protocole d’inventaire et de récolte ;
  • La préparation de supports d’informations et d’une enquête, destinés au grand public ;
  • La concaténation d’une liste de diffusion pour l’enquête participative ;
  • Le test d’une méthodologie de contre-identification par barcoding moléculaire basé sur des séquences d’ADN déjà connues pour ces taxons de Characeae.

Missions

Sous l’autorité fonctionnelle du Directeur, encadré par la chargée de projet référente du pôle, le.a stagiaire est chargé.e du démarrage du programme d’inventaire des characées d’Alsace. Il. Elle :

  • Assurera la diffusion et le dépouillement de l’enquête participative
  • Préparera un plan d’échantillonnage
  • Réalisera les inventaires de terrain et les récoltes
  • Assurera les manipulations de laboratoire pour le barcoding ADN des échantillons
  • Rédigera un bilan de l’inventaire (statistiques descriptives, cartographies…) et un article sur les résultats génétiques.

Profil recherché

Ce stage s’adresse à des étudiants en Master 2 en écologie végétale ayant de bonnes connaissances naturalistes, en particulier en botanique.

D’autres connaissances et compétences nécessaires pour ce stage :

  • Expérience du travail de terrain
  • Aptitude et enthousiasme à travailler dans la nature et en autonomie
  • Prérequis en génétique et taxonomie
  • Utilisation du SIG
  • Capacité d’analyse, de synthèse et de rédaction
  • Titulaire d’un permis B

Poste et conditions

  • Stage conventionné basé au siège de CBA à Erstein, prévoir des déplacements fréquents sur le territoire alsacien et 3 à 4 semaines de laboratoire au Laboratoire Image Ville Environnement, UMR 7362, Université de Strasbourg, CNRS.
  • Indemnité légale de stage.
  • Cadre : stage de 6 mois
  • Date de début souhaitée : début mars

 

Modalités de candidature

Merci d’adresser votre candidature avant le 31/01/2023 avec lettre de motivation et curriculum vitae, à  Monsieur le Président du Conservatoire botanique d’Alsace par mail à : francoise.janin@conservatoire-botanique-alsace.fr

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