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Mon, 5 Mar 2001 07:41:50 +0100
Frederic legens
Voici une proposition informelle de structures pour l'ensemble des fiches nécessaires à la réalisation de la phase1. J'y reprend principalement les rubriques présentes à la page 8 du document de Benoît.
Fiche d'identité d'un taxon :
N° Taxonomique N° nomenclatural Rang taxonomique (Embranchement, classe . espèces .) Nom du Taxon (noté en toutes lettres donne le nom complet du taxon jusqu'à l'espèce.) Auteur du taxon Type de sous-espèce Sous-espèce Auteur de la sous-espèce Type de l'inra2 Infra2 Auteur de l'infra2 Type de l'infra3 Infra3 Auteur de l'infra3 Année Source bilbliob Source biblio à exclure Info sur la combinaison Type de synonymie Doute nom valide Hybride Auteur principal In Statut
Fiche des noms communs d'un taxon :
N° Taxonomique Code de la langue Nom commun Note
La rubrique code CIFF sera disponible par des fiches de transcodages.
La rubrique Nombres chromosomiques sera à intégrer à la notion de caractères.
Les rubriques suivantes n'ont pas été conservées mais seront d'une certaine façon disponible par la notion de classification :
Famille Genre Flores
La fiche de classification des taxons permettra de relier un taxon donné avec le taxon de niveau hiérarchiquement supérieur ( par exemple une espèce avec le genre, un genre avec la famille) . Cette fiche comportera les champs suivants :
N° taxonomique du taxon de rang supérieur. N° taxonomique du taxon de rang inférieur.
Dans la pratique on rajoutera un troisième champ, qui sera la concaténation de tous les N° taxonomique reliant le taxon de rang inférieur avec le taxon de plus haut rang. Ce champ n'apporte aucune information supplémentaire mais est utile pour optimiser certains traitements.
Cette structure permet de gérer une classification unique, cela suppose donc que l'on se mette d'accord sur la classification à utiliser, de plus celle-ci devra couvrir l'ensemble des taxons.
Une autre façon de voir les choses est de considérer que l'on peut avoir besoin de faire coexister plusieurs classifications. Par exemple la classifications d'Engler, de Cronquist, de Thorne ou de Dahlgren pour les angiospermes. Mais également la classification utilisé par Coste , Fournier ou Bonnier dans leurs flores respectives. Dans ce cas on aurait plutôt la structure suivante :
N° de classification N° taxonomique du taxon de rang supérieur N° nomenclatural du taxon de rang supérieur N° taxonomique du taxon de rang inférieur N° nomenclatural du taxon de rang inférieur
Ce cas me semble nettement plus intéressant, de plus on n'a pas besoin que chaque classification couvre l'ensemble des taxons (on peut donc avoir par exemple une classification qui se limite aux bryophytes. Il est également à noter que la notion de nom valide n'a plus la même utilité, puisque le nom est valide à l'intérieur d'une classification donnée. Il serait quand même possible de trouver le nom valide dans une classification moderne, du nom employé dans une classification ancienne.
Que pensez-vous sur cette notion de classifications multiples ? (sachant que l'on peut de toute façon débuter avec une seule classification).
Cordialement.
Sat, 10 Mar 2001 11:26:25 +0100
"Frederic legens"
Le but n'étant pas de phagocyter le projet isff, toutes les fiches d' identités correspondant à des taxons inférieurs ou égaux à l'espèce, seront créés par l'importation des données correspondantes présentes dans l'isff. Nous utiliserons donc les mêmes numéros nomenclaturaux et taxonomiques. (Ces opérations d'export import se feront de façon régulière (à définir) pour suivre les évolutions de l'isff).
Par contre pour les fiches concernant des taxons supérieurs à l'espèce, cela n'est pas actuellement possible puisque ces fiches n'existent pas dans l' isff.
Je ne me trompe pas Benoît ? Est-ce une prochaine étape de l'isff ?
Si c'est le cas nous procéderons de la même façon que pour les taxons égaux ou inférieurs à l'espèce.
Dans le cas contraire il va falloir prévoir une façon de faire, dans ce cas on définira deux plages de numéros nomenclaturaux et taxonomiques non utilisables par l'isff pour numéroter nos nouveaux taxons.
Note : Je vais faire un petit prototype pour illustrer mes différentes propositions, benoît tu m'avais proposer de me fournir l'ensemble des noms valides de l'isff, ne pourrais tu pas plutôt m'envoyer un export de tous les taxons (valides ou non valides ) appartenant aux deux familles suivantes Polyganacées et Oxalidacées. Cela permettrait d'avoir de meilleurs exemples. Pour le format je te propose d'exporter tous les champs (séparés par un point virgule ou un autre caractère non utilisé par ailleurs) dans un fichier texte, je ferai le tri dans l'export, c'est le plus simple.
Cordialement
"Benoit BOCK"
Friday, March 09, 2001 10:44 PM
Comment feras tu pour rechercher tous les noms d'un même genre sachant qu'il y a des homonymies de genre appartenant à des familles différentes?
Voir "petite" liste ci-dessous:
Sat, 10 Mar 2001 11:26:50 +0100
Frederic legens
Merci benoît, pour ta lecture détaillée de mes propositions.
Je n'avais pas pensé au cas des homonymies de genres, mais cela ne semble pas être un problème. Par exemple dans la table des synonymes, on aura les lignes suivantes:
N° taxonomique - N° nomenclaturale - Nom -Année -validité 1000 - 6845 - Polygonacées -valide 1052 - 3278 - Oxalidacées - valide 2301 - 345 - Acetosella (Meisner) Fourr. - 1869 -non valide 2304 - 998 - Acetosella O. Kuntze - 1891 - non valide 2301 - 300 - Rumex L. 1753 - valide 2304 - 350 - Oxalis L. 1753 -valide Si l'on fait une recherche de synonymes avec le N° taxonomique, ou le numéro nomenclaurale, il n'y a aucun problème. Par contre si l'on fait une recherche avec le nom, deux cas se présenterons: 1) Le nom n'existe qu'une fois dans la table (ex : Rumex ou Oxalis) : dans ce cas la réponse ne contiendra que les synonymes ayant respectivement les N° taxonomiques 2301 et 2304. 2) Le nom existe plusieurs fois dans la table (ex : Acetosella) : dans ce cas la réponse contiendra tous les synonymes existants , mais groupés par N° taxonomiques (structuration avec XML). Bien entendu cela dépend du type de fiches que l'on souhaite avoir pour réponse , c'est possible pour une fiche de synonymes, mais difficilement envisageable pour les clefs ou les fiches de descriptions : nous définirons donc un comportement pour ce cas pour tous les types de fiches.
En continuant sur cet exemple et en s'intéressant à la notion de classification.
Dans le cas ou l'on adopterait une classification unique :
On aurait les liens suivants dans la table classification:
N° taxonomique du taxon de rang supérieur - N° taxonomique du taxon de rang inférieur. 1052 - 2304 1000 - 2301
Certes pour ces numéros taxonomiques, on peut éventuellement avoir des synonymes ayant des rangs différents, mais le vrai rang du taxon , si j'ai bien compris ton système dans l'isff est le rang du nom valide, donc il n'y a pas de problèmes puisque on aura toujours un nom valide par n° taxonomique.
Dans le cas ou l'on adopterai le système de classification multiple :
On aurait une classification moderne (classification n°1) composée par les lignes suivantes: N° de classification -N° taxonomique du taxon de rang supérieur - N° nomenclatural du taxon de rang supérieur - N° taxonomique du taxon de rang inférieur. - N° nomenclatural du taxon de rang inférieur 1-1052 -3278- 2304 -350 1-1000 -6845- 2301 -300
On pourrait également avoir en plus une classification n°2 où le genre Acetosella serait associé aux Polygonacées :
2-1052 -3278- 2304 -350 2-1000 -6845- 2301 -345
Et inversement une classification n°3 où le genre Acetosella serait associé aux Oxalidacées :
3-1052 -3278- 2304 -998 3-1000 -6845- 2301 -300
Evidemment cette notion de classification multiple devra être utilisée de façon modérée, le but n'étant pas d'embrouiller les choses, mais de pouvoir faire éventuellement coexister plusieurs systèmes soit dans le but de faire des évolutions, soit dans un souci de faire apparaître des classifications ayant une importance historique ou pratique (classification utilisée par Bonnier, Coste, Fournier ...).
Personnellement je pense que cette notion de classification multiple est la meilleur, même si dans un premier temps nous en réaliserons qu'une.
"Roger Cruon"
Saturday, March 10, 2001 9:29 AM
La discussion actuelle (sur [tb-eflore]) met en lumière la principale difficulté d'un index synonymique, qui est que les règles de la nomenclature ne s'appliquent qu'après que toutes les décisions taxonomiques aient été prises; le nom valide d'un taxon dépend des conceptions systématiques relatives à son rang taxonomique et plus généralement à sa place dans la classification.
Mais, pour y voir clair, il faut distinguer d'une part le niveau du genre et de ses subdivisions, d'autre part les niveaux supra-génériques.
Je commence par ces derniers. Prenons l'exemple du genre Smilax, classé par Fournier dans les Liliacées. Les classifications récentes (disons depuis 30 ans) éclatent les Liliacées s.l. en plusieurs familles; Kerguélen a suivi cette tendance et placé Smilax dans les Smilacacées. Ceci ne change rien au nom du genre et des espèces qui en font partie, par exemple Smilax aspera. Ce que propose Frédéric, c'est de supprimer l'indication de la famille dans l'index proprement dit, et de faire un fichier séparé pour traduire la classification, ici Smilax -> Smilacaceae. L'avantage est qu'on peut ne pas se limiter à une seule conception systématique, et indiquer aussi Smilax -> Liliaceae, à condition de préciser de quelle classification il s'agit (par exemple Engler-Melchior).
Même à ce niveau, les choses ne sont pas toujours si simples. Par exemple, l'article 18.5 du Code de nomenclature valide les noms traditionnels (non formés à partir d'un nom de genre) de 8 familles, parmi lesquelles figure Leguminosae. Mais il indique aussi entre parenthèses un autre nom (ici Fabaceae) dont l'usage est également autorisé, ce qui est une entorse à la règle selon laquelle, à conception systématique donnée, un taxon ne peut avoir qu'un seul nom valide. En outre, l'article 19.7 indique que, si les Papilionaceae sont incluses dans la famille Leguminosae ou Fabaceae en tant que sous-famille (ce qui est une décision taxonomique, sur laquelle le Code ne peut pas prendre parti), le nom Papilionoideae peut être utilisé comme alternative à Faboideae.
Au niveau du genre et en dessous, la situation est différente puisque les décisions taxonomiques influent sur le nom. Par exemple, l'ISFF utilisait Chamaecytisus hirsutus, alors que les travaux récents ne reconnaissent pas ce genre, inclus maintenant dans Cytisus (voir messages sur [isff] 18-23/11/2000). Ceci est une décision taxonomique, mais elle a une conséquence directe sur le nom. La synonymie qui figure dans l'index suffit à savoir que, pour quelqu'un qui considère comme justifiée la séparation du genre Chamaecytisus, le nom Chamaecytisus hirsutus est correct, alors que dans le cas contraire c'est Cytisus hirsutus qui est correct.
En conclusion, je pense que l'idée de Frédéric d'un fichier de classification est à retenir seulement pour les niveaux supérieurs au genre.
"Frederic legens"
Thu, 19 Apr 2001 07:50:05 +0200
Bonjour Benoît,
Peux-tu me confirmer les choses suivantes concernant les fichiers que tu m'as envoyés?
Lorsqu'il existe un doute sur la validité du nom (champ doute nom valide renseigné), le champ N° taxonomique est-il toujours vide ?
Lorsqu'un enregistrement comporte des renseignements au niveau de l'infra 2 ou l'infra 3, j'ai constaté que les données de la sous-espèce ne sont pas toujours renseignées! Est-ce normal ? J'ai l'impression que cela signifie simplement qu'il n'y a pas de sous-espèce autre que la sous-espèce type (qui n'est donc pas exprimée). C'est bien cela.
Cordialement.
Benoit BOCK
Thu, 19 Apr 2001 10:00:01 +0200
> Lorsqu'il existe un doute sur la validité du nom (champ doute nom valide
> renseigné), le champ N° taxonomique est-il toujours vide ? NON.
exemple: Acer fauriei H.Lév. & Vaniot [1906, Bull. Soc. Bot. Fr., 53 : 590] (t) = Acer negundo L. subsp. negundo ? (Aceraceae) {162}
Acer faurei possède le même numéro taxonomique que Acer negundo subsp. negundo. Le champ doute nom valide comprend la valeur "1" qui est retranscrite en "?".
Par contre lorsqu'un nom est "sans correspondance" noté "= ?" par Kerguelen. Le numéro "doute nom valide" est "2" retranscrite en "sans correspondance"
Peut-être veux tu la liste complète des valeurs de la rubrique "doute nom valide" et leur signification?
> Lorsqu'un enregistrement comporte des renseignements au niveau de l'infra 2
> ou l'infra 3, j'ai constaté que les données de la sous-espèce ne sont pas
> toujours renseignées! Est-ce normal ? J'ai l'impression que cela signifie
> simplement qu'il n'y a pas de sous-espèce autre que la sous-espèce type (qui
> n'est donc pas exprimée). C'est bien cela.
Effectivement, c'est un problème qui m'a beaucoup préoccupé. Logiquement, lorsque l'on trouve "Genre a var. b" on devrait écrire en fait : "Genre a subsp. a var. b". Cependant, lorsqu'il n'y a aucune sous-espèce mais simplement 2 ou 3 variétés, il est plus commode de ne pas rallonger la mention du nom.
Mais dans beaucoup de cas Kerguelen a répertorié un grand nombre de variétés sans mention de la sous-espèce. J'ai homogénéisé ces citations pour les noms retenus mais pas pour les innombrables variétés synonymes. Ce qui donne par exemple:
>Brassica napus L. [1753, Sp. Pl. : 666] (Brassicaceae) {10308}
Brassica napus L. var. esculenta DC. [1821, Syst. Nat., 2 : 592] (t) = Brassica napus L. subsp. rapifera Metzg. (Brassicaceae) {10313}
Brassica napus L. var. napobrassica (L.) Rchb. [18371838, Icon. Fl. Germ., 2
21] (t) = Brassica napus L. subsp. rapifera Metzg. (Brassicaceae) {10314}
Brassica napus L. subsp. napobrassica (L.) O.Schwarz [1949, Mitt. Thüring. Bot. Ges., N. F., 1 (1) : 102] (t) = Brassica napus L. subsp. rapifera Metzg. (Brassicaceae) {10309}
>Brassica napus L. subsp. napus [, ] (Brassicaceae) {10310}
>Brassica napus L. subsp. oleifera (DC.) Metzg. [1833, Syst. Beschr. Kult.
>Kohlarten : 46] (t) = Brassica napus L. subsp. napus (Brassicaceae) {10311}
>Brassica napus L. subsp. rapifera Metzg. [1833, Syst. Beschr. Kult.
> Kohlarten : 46] (Brassicaceae) {10312}
"Frederic legens"
Fri, 20 Apr 2001 09:52:26 +0200
C'est en effet un problème. Je ne pense pas que dans la notion de classification liant un taxon de niveau hiérarchiquement supérieur avec des taxons de niveaux inférieurs il soit souhaitable d'avoir des taxons de niveaux différents. De plus si on lie a une espèce une sous-espèce, de facto les variétés devraient en toute logique changées également de taxon supérieur (pour être associées à la nouvelle sous-espèce ou à la sous-espèce type), ce qui est un gros inconvénient. Je pense donc que dans un premier temps pour le projet eFlore, il serait souhaitable de se limiter aux sous-espèces, pour les taxons de niveaux inférieurs. Qu'en pensez-vous ?
"Benoit BOCK"
Wednesday, June 27, 2001 7:08 PM
Est-ce qu'il faut intÈgrer la bibliographie dans la balise <NOMTAXON> comme semble l'indiquer tous les mails de benoÓt faisant rÈfÈrence ý la bdnff.
oui. L'idéal serait: année / source biblio / tome et pages dans ma base j'ai seulement découpé le champ en 2: année / source, tome et page Les sources biblio ne sont pas homogénéisées mais elles sont indispensables pour les chercheurs. C'est probablement le point le plus important de l'index de Kerguelen (au départ de celui là ). Il faut absolument le conserver mais peut être définir deux options d'affichage comme je l'ai fait. Une pour les amateurs (botanistes de terrain) masquant l'information et une pour les "professionnels", ceux qui s'intéressent à la nomenclature et qui ont besoin de connaître les références précises concernant les noms.
3. Phase 1C : Structure
3.1. Proposition
Mon, 5 Mar 2001 07:41:50 +0100
Frederic legens
Voici une proposition informelle de structures pour l'ensemble des fiches nécessaires à la réalisation de la phase1. J'y reprend principalement les rubriques présentes à la page 8 du document de Benoît.
Fiche d'identité d'un taxon :
N° Taxonomique N° nomenclatural Rang taxonomique (Embranchement, classe . espèces .) Nom du Taxon (noté en toutes lettres donne le nom complet du taxon jusqu'à l'espèce.) Auteur du taxon Type de sous-espèce Sous-espèce Auteur de la sous-espèce Type de l'inra2 Infra2 Auteur de l'infra2 Type de l'infra3 Infra3 Auteur de l'infra3 Année Source bilbliob Source biblio à exclure Info sur la combinaison Type de synonymie Doute nom valide Hybride Auteur principal In Statut
Fiche des noms communs d'un taxon :
N° Taxonomique Code de la langue Nom commun Note
La rubrique code CIFF sera disponible par des fiches de transcodages.
La rubrique Nombres chromosomiques sera à intégrer à la notion de caractères.
Les rubriques suivantes n'ont pas été conservées mais seront d'une certaine façon disponible par la notion de classification :
Famille Genre Flores
La fiche de classification des taxons permettra de relier un taxon donné avec le taxon de niveau hiérarchiquement supérieur ( par exemple une espèce avec le genre, un genre avec la famille) . Cette fiche comportera les champs suivants :
N° taxonomique du taxon de rang supérieur. N° taxonomique du taxon de rang inférieur.
Dans la pratique on rajoutera un troisième champ, qui sera la concaténation de tous les N° taxonomique reliant le taxon de rang inférieur avec le taxon de plus haut rang. Ce champ n'apporte aucune information supplémentaire mais est utile pour optimiser certains traitements.
Cette structure permet de gérer une classification unique, cela suppose donc que l'on se mette d'accord sur la classification à utiliser, de plus celle-ci devra couvrir l'ensemble des taxons.
Une autre façon de voir les choses est de considérer que l'on peut avoir besoin de faire coexister plusieurs classifications. Par exemple la classifications d'Engler, de Cronquist, de Thorne ou de Dahlgren pour les angiospermes. Mais également la classification utilisé par Coste , Fournier ou Bonnier dans leurs flores respectives. Dans ce cas on aurait plutôt la structure suivante :
N° de classification N° taxonomique du taxon de rang supérieur N° nomenclatural du taxon de rang supérieur N° taxonomique du taxon de rang inférieur N° nomenclatural du taxon de rang inférieur
Ce cas me semble nettement plus intéressant, de plus on n'a pas besoin que chaque classification couvre l'ensemble des taxons (on peut donc avoir par exemple une classification qui se limite aux bryophytes. Il est également à noter que la notion de nom valide n'a plus la même utilité, puisque le nom est valide à l'intérieur d'une classification donnée. Il serait quand même possible de trouver le nom valide dans une classification moderne, du nom employé dans une classification ancienne.
Que pensez-vous sur cette notion de classifications multiples ? (sachant que l'on peut de toute façon débuter avec une seule classification).
Cordialement.
Sat, 10 Mar 2001 11:26:25 +0100
"Frederic legens"
Le but n'étant pas de phagocyter le projet isff, toutes les fiches d' identités correspondant à des taxons inférieurs ou égaux à l'espèce, seront créés par l'importation des données correspondantes présentes dans l'isff. Nous utiliserons donc les mêmes numéros nomenclaturaux et taxonomiques. (Ces opérations d'export import se feront de façon régulière (à définir) pour suivre les évolutions de l'isff).
Par contre pour les fiches concernant des taxons supérieurs à l'espèce, cela n'est pas actuellement possible puisque ces fiches n'existent pas dans l' isff.
Je ne me trompe pas Benoît ? Est-ce une prochaine étape de l'isff ?
Si c'est le cas nous procéderons de la même façon que pour les taxons égaux ou inférieurs à l'espèce.
Dans le cas contraire il va falloir prévoir une façon de faire, dans ce cas on définira deux plages de numéros nomenclaturaux et taxonomiques non utilisables par l'isff pour numéroter nos nouveaux taxons.
Note : Je vais faire un petit prototype pour illustrer mes différentes propositions, benoît tu m'avais proposer de me fournir l'ensemble des noms valides de l'isff, ne pourrais tu pas plutôt m'envoyer un export de tous les taxons (valides ou non valides ) appartenant aux deux familles suivantes Polyganacées et Oxalidacées. Cela permettrait d'avoir de meilleurs exemples. Pour le format je te propose d'exporter tous les champs (séparés par un point virgule ou un autre caractère non utilisé par ailleurs) dans un fichier texte, je ferai le tri dans l'export, c'est le plus simple.
Cordialement
"Benoit BOCK"
Friday, March 09, 2001 10:44 PM
Comment feras tu pour rechercher tous les noms d'un même genre sachant qu'il y a des homonymies de genre appartenant à des familles différentes?
Voir "petite" liste ci-dessous:
- * Famille Genre Auteur_du_Genre - Année = Genre "valide" correspondant
- * Polygonacées Acetosella (Meisner) Fourr. - 1869 = Rumex L. 1753
- * Oxalidacées Acetosella O. Kuntze - 1891 = Oxalis L. 1753
- * Posidoniacées Alga Boehmer in Ludwig - 1760 = Posidonia C. König 1805
- * Zosteracées Alga Hill in Scott - 1753 = Zostera L. 1753
- * Caryophyllacées Anthyllis Adanson - 1763 = Polycarpon Loefl. ex L. 1759
- * Fabacées Anthyllis L. - 1753
- * Zannichelliacées Aponogeton Hill - 1756 = Zannichellia L. 1753
- * Aponogetonacées Aponogeton L. fil. - 1782
- * Saxifragacées Astilbe D. Don - 1825
- * Rosacées Astilbe Trevisan - 1855 = Aruncus L. 1758
- * Amaryllidacées Belladonna (Endl.) Harvey - 1838 = Amaryllis L. 1753
- * Solanacées Belladonna Hill in Scott - 1753 = Atropa L. 1753
- * Amaranthacées Blitum Hill in Scott - 1753 = Amaranthus L. 1753
- * Chenopodiacées Blitum L. - 1753
- * Brassicacées Bohadschia Crantz - 1762 = Peltaria Jacq. 1762
- * Astéracées Bohadschia F.W. Schmidt - 1795 = Leontodon L. 1753
- * Lamiacées Botrys Fourr. - 1869 = Teucrium L. 1753
- * Chenopodiacées Botrys Nieuwland - 1914 = Chenopodium L. 1753
- * Iridacées Bulbocodium Gronovius - 1755 = Romulea Maratti 1772
- * Colchicacées Bulbocodium L. - 1753
- * Solanacées Busbequia C.F.P. Martius - 1829 = Salpichroa Miers in Hooker 1845
- * Hyacinthacées Busbequia Salisb. - 1866 = Bellevalia Lapeyr. 1808
- * Posidoniacées Caulinia DC. in Lam. & DC. - 1805 = Posidonia C. König 1805
- * Hydrocharitacées Caulinia Willd. - 1798 = Najas L. 1753
- * Ebenacées Cavanillea Desr in Lam. - 1789 = Diospyros L. 1753
- * Malvacées Cavanillea Medik. - 1787 = Anoda Cav. 1785
- * Cupressacées Cedrus Hill in Scott - 1753 = Juniperus L. 1753
- * Pinacées Cedrus Trew - 1757
- * Colchicacées Celsia Boehmer in Ludwig - 1759 = Bulbocodium L. 1753
- * Hyacinthacées Celsia Heister ex Fabricius - 1759 = Ornithogalum L. 1753
- * Scrophulariacées Celsia L. - 1753 = Verbascum L. 1753
- * Caryophyllacées Centunculus Adanson - 1763 = Cerastium L. 1753
- * Primulacées Centunculus L. - 1753
- * Astéracées Ceratocephalus Cass. in Cuvier - 1817 = Bidens L. 1753
- * Renonculacées Ceratocephalus Pers. - 1805
- * Astéracées Caltha Hill in Scott - 1753 = Calendula L. 1753
- * Renonculacées Caltha L. - 1753
- * Hemerocallidacées Cameraria Boehmer in Ludwig - 1759 = Hemerocallis L. 1753
- * Portulacacées Cameraria Fabricius - 1759 = Montia L. 1753
- * Lythracées Chabraea Adanson - 1763 = Lythrum L. 1753
- * Apiacées Chabraea Rafin. - 1840 = Holandrea Reduron, Charpin & Pimenov 1997
- * Plantaginacées Coronopus Hill in Scott - 1753 = Plantago L. 1753
- * Brassicacées Coronopus Zinn - 1757
- * Molluginacées Corrigiola L. - 1753
- * Illecebracées Corrigiola O. Kuntze - 1891 = Illecebrum L. 1753
- * Poacées Costia Willk. - 1858 = Agropyron Gaertner 1770
- * Iridacées Costia Willk. - 1860
- * Gentianacées Cruciata Gilib. - 1782 = Gentiana L. 1753
- * Rubiacées Cruciata Hill in Scott - 1753
- * Theligonacées Cynocrambe Gagnebin - 1755 = Theligonum L. 1753
- * Euphorbiacées Cynocrambe Hill - 1756 = Mercurialis L. 1753
- * Apiacées Danaa All. - 1785 = Selinum L. 1762
- * Astéracées Danaa Colla - 1835 = Senecio L. 1753
- * Apiacées Diapensia Hill - 1756 = Sanicula L. 1753
- * Diapensiacées Diapensia L. - 1753
- * Astéracées Dracunculus Ledeb. - 1846 = Artemisia L. 1753
- * Scrophulariacées Elatine Hill - 1756 = Kickxia Dumort. 1829
- * Elatinacées Elatine L. - 1753
- * Commelinacées Ephemerum Hill in Scott - 1753 = Tradescantia L. 1753
- * Primulacées Ephemerum Reichenb. - 1831 = Lysimachia L. 1753
- * Rosacées Eupatorium Bubani - 1899 = Agrimonia L. 1753
- * Astéracées Eupatorium L. - 1753
- * Rosacées Geum L. - 1753
- * Saxifragacées Geum Miller - 1754 = Saxifraga L. 1753
- * Primulacées Glaux L. - 1753
- * Hyacinthacées Helonias Adanson - 1763 = Scilla L. 1753
- * Melanthiacées Helonias L. - 1753
- * Cyperacées Heuffelia Opiz - 1845 = Carex L. 1753
- * Poacées Heuffelia Schur - 1866 = Helictotrichon Besser in Roemer & Schultes 1827
- * Liliacées Hornungia Bernh. - 1840 = Gagea Salisb. 1806
- * Brassicacées Hornungia Reichenb. - 1837
- * Fagacées Ilex Hill in Scott - 1753 = Quercus L. 1753
- * Aquifoliacées Ilex L. - 1753
- * Illecebracées Illecebrum L. - 1753
- * Amaranthacées Illecebrum Sprengel - 1817 = Alternanthera Forsskål 1775
- * Astéracées Jacea Hill in Scott - 1753 = Centaurea L. 1753
- * Violacées Jacea Opiz in Berchtold & Opiz - 1839 = Viola L. 1753
- * Brassicacées Kernera Medik. - 1792
- * Scrophulariacées Kernera Schrank - 1786 = Tozzia L. 1753
- * Posidoniacées Kernera Willd. - 1806 = Posidonia C. König 1805
- * Lamiacées Ladanum O. Kuntze - 1891 = Galeopsis L. 1753
- * Cistacées Ladanum Rafin. - 1838 = Cistus L. 1753
- * Plantaginacées Lagopus (Gren. & Godron) Fourr. - 1869 = Plantago L. 1753
- * Fabacées Lagopus Bernh. - 1800 = Trifolium L. 1753
- * Brassicacées Lepia Desv. - 1815 = Lepidium L. 1753
- * Astéracées Lepia Hill - 1759 = Zinnia L. 1759
- * Astéracées Lepiactis Rafin. Rafin. - 1837 = Solidago L. 1753
- * Lentibulariacées Lepiactis Rafin. - 1838 = Utricularia L. 1753
- * Cistacées Libanotis Rafin. - 1838
- * Astéracées Ligularia Cass. - 1816
- * Saxifragacées Ligularia H.A. Duval - 1869 = Saxifraga L. 1753
- * Anthericacées Liliago C. Presl - 1845 = Anthericum L. 1753
- * Amaryllidacées Liliago Heister - 1755 = Amaryllis L. 1753
- * Astéracées Linosyris Cass. in Cuvier - 1825 = Aster L. 1753
- * Santalacées Linosyris Ludwig - 1757 = Thesium L. 1753
- * Fabacées Listera Adanson - 1763 = Genista L. 1753
- * Orchidacées Listera R. Br. in Aiton fil. - 1813
- * Orchidacées Lonchitis Bubani - 1902 = Serapias L. 1753
- * Blechnacées Lonchitis aspera Hill ex Farwell - 1931 = Blechnum L. 1753
- * Melanthiacées Melanthium L. - 1753
- * Renonculacées Melanthium Medik. - 1789 = Nigella L. 1753
- * Astéracées Meridiana Hill - 1768 = Gazania Gaertner 1791
- * Portulacacées Meridiana L. fil. - 1781 = Portulaca L. 1753
- * Caryophyllacées Moenchia Ehrh. - 1788
- * Brassicacées Moenchia Roth - 1788 = Camelina Crantz 1762
- * Poacées Moenchia Wenderoth ex Steudel - 1841 = Paspalum L. 1759
- * Gesneriacées Myconia Lapeyr. - 1813 = Ramonda Lam. 1793
- * Astéracées Myconia Schultz Bip. In Webb & Berth - 1844 = Coleostephus Cass. in Cuvier 1826
- * Caryophyllacées Myosotis Hill in Scott - 1753 = Cerastium L. 1753
- * Boraginacées Myosotis L. - 1753
- * Tamaricacées Myrica Bubani - 1899 = Myricaria Desv. 1824
- * Myricacées Myrica L. - 1753
- * Scrophulariacées Odontites Ludwig - 1757
- * Apiacées Odontites Sprengel - 1813 = Bupleurum L. 1753
- * Grossulariacées Oxyacantha Chevallier - 1827 = Ribes L. 1753
- * Rosacées Oxyacantha Medik. - 1789 = Crataegus L. 1753
- * Illecebracées Paronychia Hill in Scott - 1753
- * Brassicacées Paronychia Hill - 1756 = Erophila DC. 1821
- * Solanacées Pentagonia Heister ex Fabricius - 1763
- * Campanulacées Pentagonia Vest ex Steudel - 1841 = Legousia Durande 1782
- * Poacées Phoenix Haller - 1768 = Chrysopogon Trin. 1820
- * Arecacées Phoenix L. - 1753
- * Pteridacées Phyllitis Rafin. - 1819 = Pteris L. 1753
- * Fabacées Phyllodoce Link - 1831 = Acacia Hill in Scott 1753
- * Ericacées Phyllodoce Salisb. - 1806
- * Astéracées Pilosella Hill - 1756
- * Brassicacées Pilosella Kostel. - 1844 = Arabidopsis Heynh. in Holl & Heynh. 1842
- * Rosacées Pimpinella Hill in Scott - 1753 = Sanguisorba L. 1753
- * Apiacées Pimpinella L. - 1753
- * Aristolochiacées Pistolochia (Rafin.) Rafin. - 1838 = Aristolochia L. 1753
- * Papaveracées Pistolochia Bernh. - 1800 = Corydalis DC. in Lam. & DC. 1805
- * Plantaginacées Plantaginella Fourr. - 1869 = Plantago L. 1753
- * Scrophulariacées Plantaginella Hill - 1758 = Limosella L. 1753
- * Amaryllidacées Polyanthemum Bubani - 1902 = Leucojum L. 1753
- * Plumbaginacées Polyanthemum Medik. - 1791 = Armeria Willd. 1809
- * Woodsiacées Pterilis Rafin. - 1814 = Matteuccia Todaro 1866
- * Pteridacées Pterilis Rafin. - 1830 = Pteris L. 1753
- * Pteridacées Pteris L. - 1753
- * Dryopteridacées Pteris Scop. - 1760 = Dryopteris Adanson 1763
- * Hymenophyllacées Pyxidaria Gleditsch - 1764 = Trichomanes L. 1753
- * Scrophulariacées Pyxidaria O. Kuntze - 1891 = Lindernia All. 1766
- * Astéracées Robertia A. Richard ex DC. in Lam. & DC. - 1815 = Hypochaeris L. 1753
- * Renonculacées Robertia Mérat - 1812 = Eranthis Salisb. 1807
- * Papaveracées Roemeria Medik. - 1792
- * Amaranthacées Roemeria Moench - 1794 = Amaranthus L. 1753
- * Poacées Rothia Borckh. - 1792 = Mibora Adanson 1763
- * Astéracées Rothia Schreber - 1791 = Andryala L. 1753
- * Astéracées Schmidtia Moench - 1802 = Tolpis Adanson 1763
- * Ericacées Schollera Roth - 1788 = Vaccinium L. 1753
- * Pontederiacées Schollera Schreber - 1791 = Heteranthera Ruiz & Pavon 1798
- * Boraginacées Scorpiurus Haller - 1768 = Myosotis L. 1753
- * Fabacées Scorpiurus L. - 1753
- * Chenopodiacées Selago Adanson - 1763 = Polycnemum L. 1753
- * Capparacées Sinapistrum Hill in Scott - 1753 = Cleome L. 1753
- * Hyacinthacées Stellaster Heister ex Fabricius - 1763 = Scilla L. 1753
- * Liliacées Stellaster Heister ex O. Kuntze - 1891 = Gagea Salisb. 1806
- * Astéracées Stoechas Gueldenstaedt - 1787 = Helichrysum Hill in Scott 1753
- * Lamiacées Stoechas Hill in Scott - 1753 = Lavandula L. 1753
- * Blechnacées Struthiopteris Scop. - 1754 = Blechnum L. 1753
- * Woodsiacées Struthiopteris Willd. - 1809 = Matteuccia Todaro 1866
- * Poacées Sturmia Hoppe in Sturm - 1799 = Mibora Adanson 1763
- * Orchidacées Sturmia Reichenb. - 1826 = Liparis L.C.M. Richard 1817
- * Plantaginacées Subularia Boehmer in Ludwig - 1760 = Littorella Bergius 1768
- * Brassicacées Subularia L. - 1753
- * Gentianacées Swertia L. - 1753
- * Astéracées Swertia Ludwig - 1760 = Tolpis Adanson 1763
- * Hydrangeacées Syringa Hill in Scott - 1753 = Philadelphus L. 1753
- * Oleacées Syringa L. - 1753
- * Astéracées Tetralix Hill - 1757 = Cirsium Hill in Scott 1753
- * Ericacées Tetralix Zinn - 1757 = Erica L. 1753
- * Pteridacées Thelypteris Adanson - 1763 = Pteris L. 1753
- * Woodsiacées Thelypteris Schmidel - 1763
- * Apiacées Thorea Briq. - 1902 = Caropsis (Rouy & E.G. Camus) Rauschert 1982
- * Poacées Thorea Rouy - 1913 = Pseudarrhenatherum Rouy 1922
- * Aspleniacées Trichomanes Hill in Scott - 1753 = Asplenium L. 1753
- * Hymenophyllacées Trichomanes L. - 1753
- * Juncaginacées Tristemon Rafin. - 1819 = Triglochin L. 1753
- * Juncacées Tristemon Rafin. - 1838 = Juncus L. 1753
- * Scrophulariacées Trixago Steven - 1823
- * Poacées Verinea Merino - 1899 = Melica L. 1753
- * Asphodelacées Verinea Pomel - 1860 = Asphodelus L. 1753
- * Chenopodiacées Willemetia Maerklin - 1801 = Bassia All. 1766
- * Astéracées Willemetia Necker - 1777/1778
Sat, 10 Mar 2001 11:26:50 +0100
Frederic legens
Merci benoît, pour ta lecture détaillée de mes propositions.
Je n'avais pas pensé au cas des homonymies de genres, mais cela ne semble pas être un problème. Par exemple dans la table des synonymes, on aura les lignes suivantes:
N° taxonomique - N° nomenclaturale - Nom -Année -validité 1000 - 6845 - Polygonacées -valide 1052 - 3278 - Oxalidacées - valide 2301 - 345 - Acetosella (Meisner) Fourr. - 1869 -non valide 2304 - 998 - Acetosella O. Kuntze - 1891 - non valide 2301 - 300 - Rumex L. 1753 - valide 2304 - 350 - Oxalis L. 1753 -valide Si l'on fait une recherche de synonymes avec le N° taxonomique, ou le numéro nomenclaurale, il n'y a aucun problème. Par contre si l'on fait une recherche avec le nom, deux cas se présenterons: 1) Le nom n'existe qu'une fois dans la table (ex : Rumex ou Oxalis) : dans ce cas la réponse ne contiendra que les synonymes ayant respectivement les N° taxonomiques 2301 et 2304. 2) Le nom existe plusieurs fois dans la table (ex : Acetosella) : dans ce cas la réponse contiendra tous les synonymes existants , mais groupés par N° taxonomiques (structuration avec XML). Bien entendu cela dépend du type de fiches que l'on souhaite avoir pour réponse , c'est possible pour une fiche de synonymes, mais difficilement envisageable pour les clefs ou les fiches de descriptions : nous définirons donc un comportement pour ce cas pour tous les types de fiches.
En continuant sur cet exemple et en s'intéressant à la notion de classification.
Dans le cas ou l'on adopterait une classification unique :
On aurait les liens suivants dans la table classification:
N° taxonomique du taxon de rang supérieur - N° taxonomique du taxon de rang inférieur. 1052 - 2304 1000 - 2301
Certes pour ces numéros taxonomiques, on peut éventuellement avoir des synonymes ayant des rangs différents, mais le vrai rang du taxon , si j'ai bien compris ton système dans l'isff est le rang du nom valide, donc il n'y a pas de problèmes puisque on aura toujours un nom valide par n° taxonomique.
Dans le cas ou l'on adopterai le système de classification multiple :
On aurait une classification moderne (classification n°1) composée par les lignes suivantes: N° de classification -N° taxonomique du taxon de rang supérieur - N° nomenclatural du taxon de rang supérieur - N° taxonomique du taxon de rang inférieur. - N° nomenclatural du taxon de rang inférieur 1-1052 -3278- 2304 -350 1-1000 -6845- 2301 -300
On pourrait également avoir en plus une classification n°2 où le genre Acetosella serait associé aux Polygonacées :
2-1052 -3278- 2304 -350 2-1000 -6845- 2301 -345
Et inversement une classification n°3 où le genre Acetosella serait associé aux Oxalidacées :
3-1052 -3278- 2304 -998 3-1000 -6845- 2301 -300
Evidemment cette notion de classification multiple devra être utilisée de façon modérée, le but n'étant pas d'embrouiller les choses, mais de pouvoir faire éventuellement coexister plusieurs systèmes soit dans le but de faire des évolutions, soit dans un souci de faire apparaître des classifications ayant une importance historique ou pratique (classification utilisée par Bonnier, Coste, Fournier ...).
Personnellement je pense que cette notion de classification multiple est la meilleur, même si dans un premier temps nous en réaliserons qu'une.
"Roger Cruon"
Saturday, March 10, 2001 9:29 AM
La discussion actuelle (sur [tb-eflore]) met en lumière la principale difficulté d'un index synonymique, qui est que les règles de la nomenclature ne s'appliquent qu'après que toutes les décisions taxonomiques aient été prises; le nom valide d'un taxon dépend des conceptions systématiques relatives à son rang taxonomique et plus généralement à sa place dans la classification.
Mais, pour y voir clair, il faut distinguer d'une part le niveau du genre et de ses subdivisions, d'autre part les niveaux supra-génériques.
Je commence par ces derniers. Prenons l'exemple du genre Smilax, classé par Fournier dans les Liliacées. Les classifications récentes (disons depuis 30 ans) éclatent les Liliacées s.l. en plusieurs familles; Kerguélen a suivi cette tendance et placé Smilax dans les Smilacacées. Ceci ne change rien au nom du genre et des espèces qui en font partie, par exemple Smilax aspera. Ce que propose Frédéric, c'est de supprimer l'indication de la famille dans l'index proprement dit, et de faire un fichier séparé pour traduire la classification, ici Smilax -> Smilacaceae. L'avantage est qu'on peut ne pas se limiter à une seule conception systématique, et indiquer aussi Smilax -> Liliaceae, à condition de préciser de quelle classification il s'agit (par exemple Engler-Melchior).
Même à ce niveau, les choses ne sont pas toujours si simples. Par exemple, l'article 18.5 du Code de nomenclature valide les noms traditionnels (non formés à partir d'un nom de genre) de 8 familles, parmi lesquelles figure Leguminosae. Mais il indique aussi entre parenthèses un autre nom (ici Fabaceae) dont l'usage est également autorisé, ce qui est une entorse à la règle selon laquelle, à conception systématique donnée, un taxon ne peut avoir qu'un seul nom valide. En outre, l'article 19.7 indique que, si les Papilionaceae sont incluses dans la famille Leguminosae ou Fabaceae en tant que sous-famille (ce qui est une décision taxonomique, sur laquelle le Code ne peut pas prendre parti), le nom Papilionoideae peut être utilisé comme alternative à Faboideae.
Au niveau du genre et en dessous, la situation est différente puisque les décisions taxonomiques influent sur le nom. Par exemple, l'ISFF utilisait Chamaecytisus hirsutus, alors que les travaux récents ne reconnaissent pas ce genre, inclus maintenant dans Cytisus (voir messages sur [isff] 18-23/11/2000). Ceci est une décision taxonomique, mais elle a une conséquence directe sur le nom. La synonymie qui figure dans l'index suffit à savoir que, pour quelqu'un qui considère comme justifiée la séparation du genre Chamaecytisus, le nom Chamaecytisus hirsutus est correct, alors que dans le cas contraire c'est Cytisus hirsutus qui est correct.
En conclusion, je pense que l'idée de Frédéric d'un fichier de classification est à retenir seulement pour les niveaux supérieurs au genre.
"Frederic legens"
Thu, 19 Apr 2001 07:50:05 +0200
Bonjour Benoît,
Peux-tu me confirmer les choses suivantes concernant les fichiers que tu m'as envoyés?
Lorsqu'il existe un doute sur la validité du nom (champ doute nom valide renseigné), le champ N° taxonomique est-il toujours vide ?
Lorsqu'un enregistrement comporte des renseignements au niveau de l'infra 2 ou l'infra 3, j'ai constaté que les données de la sous-espèce ne sont pas toujours renseignées! Est-ce normal ? J'ai l'impression que cela signifie simplement qu'il n'y a pas de sous-espèce autre que la sous-espèce type (qui n'est donc pas exprimée). C'est bien cela.
Cordialement.
Benoit BOCK
Thu, 19 Apr 2001 10:00:01 +0200
> Lorsqu'il existe un doute sur la validité du nom (champ doute nom valide
> renseigné), le champ N° taxonomique est-il toujours vide ? NON.
exemple: Acer fauriei H.Lév. & Vaniot [1906, Bull. Soc. Bot. Fr., 53 : 590] (t) = Acer negundo L. subsp. negundo ? (Aceraceae) {162}
Acer faurei possède le même numéro taxonomique que Acer negundo subsp. negundo. Le champ doute nom valide comprend la valeur "1" qui est retranscrite en "?".
Par contre lorsqu'un nom est "sans correspondance" noté "= ?" par Kerguelen. Le numéro "doute nom valide" est "2" retranscrite en "sans correspondance"
Peut-être veux tu la liste complète des valeurs de la rubrique "doute nom valide" et leur signification?
> Lorsqu'un enregistrement comporte des renseignements au niveau de l'infra 2
> ou l'infra 3, j'ai constaté que les données de la sous-espèce ne sont pas
> toujours renseignées! Est-ce normal ? J'ai l'impression que cela signifie
> simplement qu'il n'y a pas de sous-espèce autre que la sous-espèce type (qui
> n'est donc pas exprimée). C'est bien cela.
Effectivement, c'est un problème qui m'a beaucoup préoccupé. Logiquement, lorsque l'on trouve "Genre a var. b" on devrait écrire en fait : "Genre a subsp. a var. b". Cependant, lorsqu'il n'y a aucune sous-espèce mais simplement 2 ou 3 variétés, il est plus commode de ne pas rallonger la mention du nom.
Mais dans beaucoup de cas Kerguelen a répertorié un grand nombre de variétés sans mention de la sous-espèce. J'ai homogénéisé ces citations pour les noms retenus mais pas pour les innombrables variétés synonymes. Ce qui donne par exemple:
>Brassica napus L. [1753, Sp. Pl. : 666] (Brassicaceae) {10308}
Brassica napus L. var. esculenta DC. [1821, Syst. Nat., 2 : 592] (t) = Brassica napus L. subsp. rapifera Metzg. (Brassicaceae) {10313}
Brassica napus L. var. napobrassica (L.) Rchb. [18371838, Icon. Fl. Germ., 2
21] (t) = Brassica napus L. subsp. rapifera Metzg. (Brassicaceae) {10314}
Brassica napus L. subsp. napobrassica (L.) O.Schwarz [1949, Mitt. Thüring. Bot. Ges., N. F., 1 (1) : 102] (t) = Brassica napus L. subsp. rapifera Metzg. (Brassicaceae) {10309}
>Brassica napus L. subsp. napus [, ] (Brassicaceae) {10310}
>Brassica napus L. subsp. oleifera (DC.) Metzg. [1833, Syst. Beschr. Kult.
>Kohlarten : 46] (t) = Brassica napus L. subsp. napus (Brassicaceae) {10311}
>Brassica napus L. subsp. rapifera Metzg. [1833, Syst. Beschr. Kult.
> Kohlarten : 46] (Brassicaceae) {10312}
"Frederic legens"
Fri, 20 Apr 2001 09:52:26 +0200
C'est en effet un problème. Je ne pense pas que dans la notion de classification liant un taxon de niveau hiérarchiquement supérieur avec des taxons de niveaux inférieurs il soit souhaitable d'avoir des taxons de niveaux différents. De plus si on lie a une espèce une sous-espèce, de facto les variétés devraient en toute logique changées également de taxon supérieur (pour être associées à la nouvelle sous-espèce ou à la sous-espèce type), ce qui est un gros inconvénient. Je pense donc que dans un premier temps pour le projet eFlore, il serait souhaitable de se limiter aux sous-espèces, pour les taxons de niveaux inférieurs. Qu'en pensez-vous ?
"Benoit BOCK"
Wednesday, June 27, 2001 7:08 PM
Est-ce qu'il faut intÈgrer la bibliographie dans la balise <NOMTAXON> comme semble l'indiquer tous les mails de benoÓt faisant rÈfÈrence ý la bdnff.
oui. L'idéal serait: année / source biblio / tome et pages dans ma base j'ai seulement découpé le champ en 2: année / source, tome et page Les sources biblio ne sont pas homogénéisées mais elles sont indispensables pour les chercheurs. C'est probablement le point le plus important de l'index de Kerguelen (au départ de celui là ). Il faut absolument le conserver mais peut être définir deux options d'affichage comme je l'ai fait. Une pour les amateurs (botanistes de terrain) masquant l'information et une pour les "professionnels", ceux qui s'intéressent à la nomenclature et qui ont besoin de connaître les références précises concernant les noms.