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Un botaniste travaille en:
Nous pouvons aussi isoler deux groupes dans ses 4 types :
Ces decriptions sont donc comparables.
Le but dans eFlore est de pouvoir :
Nous venons de définir ici les différents types de projet de données stockables dans eFlore.
Nous pouvons donc essayer de classer toutes les publications scientifiques botaniques en fonction de ces types.
Mais certaines publications poseront problème car elle ne rentrerons pas complètement dans un type.
En effet, si nous considérons qu'une flore contient forcément des clés de déterminations, nous sommes dans l'erreur. En effet, certaines publications portant ce titre ne possède pas de clés.
Ainsi, pour qualifier réellement un projet, il faut pouvoir qualifier son contenu.
Il faut pouvoir dire cette flore possède:
Ainsi, le modèle d'eFlore doit permettre pour chaque projet de chaque type indiquer les types de données qu'il contient.
Voir la liste des types de données ici .
Il doit permettre d'intégrer les choix taxonomiques des auteurs de publications et lier leurs données supplémentaires (information de chorologie, d'écologie...) à ces choix.
Nous devons aussi pouvoir créer des projets complétant les données d'auteurs de publications. Enfin, un botaniste travaillant directement dans eFlore doit pouvoir faire évoluer son projet.
Notes sur la hiérarchisation des taxons :
Toutes ces publications (article, flore, index et classification) hiérarchisent leurs taxons. Nous devons donc pouvoir dans tous les projets utilisant la notion de taxon, hiérarchiser les taxons les uns par rapport aux autres en établissant des relations uniquement du type "est le supérieur de". Un ou plusieurs taxon peuvent ne pas posséder de relation "est le supérieur de" (exemple BDNFF qui contient seulement des taxons inférieurs au genre).
Chacun de ces projets pourra avoir de 0 à n version de projets possédant chacune leurs types de données. Ainsi, nous pourrons ajouter de nouvelles données avec l'évolution d'un projet.
Si nous attribuons des types de données aux versions et non aux projet, c'est qu'un projet réalisé par un botaniste directement dans eFlore peut évoluer. Par exemple, un index peut devenir une flore. Ainsi pour faire évoluer un projet, il suffira qu'il change de version et ajoute les nouveaux types de données.
Nous stockerons l'identifiant du type de projet "informatisation de publication" dans EPR_CE_TYPE_PROJET, l'identifiant de l'intitulé d'auteur dans EPR_CE_INTITULE_AUTEUR, nous mettrons l'identifiant de la personne (ou du groupe) à l'origine de l'informatisation dans EPR_CE_CONTRIBUTEUR_PROJET. Toutes les personnes ayant participé à au moins à l'informatisation d'un ouvrage (=version) pour cet intitulé auteur (=projet) devront être citées.
Nous pourrons éventuellement compléter les champs EPR_INTITULE_PROJET, EPR_ABREVIATION_PROJET, EPR_DESCRIPTION_PROJET et EPR_LIEN_WEB.
Nous stockerons la valeur "non" (=0) dans EPR_MARK_CONSULTABLE tant que le projet n'est pas terminé. Une fois le projet terminé, nous remplacerons cette valeur par "oui" (=1).
Chaque publication parue avec cet intitulé d'auteur correspondra à une version de projet dont les informations sont stockées dans la table EFLORE_PROJET_VERSION.
Nous stockerons l'identifiant du projet correspondant dans EPRV_CE_PROJET, puis le type du projet (Article, index, classification, flore) dans EPRV_CE_TYPE_PROJET.
Nous indiquerons la référence à l'ouvrage en cours d'informatisation dans EPRV_CE_OUVRAGE_SOURCE_VERSION
Dans EPRV_CE_CONTRIBUTEUR_VERSION, nous pourrons indiquer l'identifiant du groupe ou de la personne ayant travaillé sur l'informatisation de l'ouvrage.
Si c'est le premier ouvrage informatisé pour ce projet (= pour cet intitulé d'auteur de publication), nous indiquerons 1 dans EPRV_NUMERO_VERSION sinon nous ajouterons 1 au nombre le plus grand.
Nous indiquerons la date de début d'informatisation dans EPRV_DATE_DEBUT_VERSION et la date de fin lorsque le projet d'informatisation sera terminé dans EPRV_DATE_FIN_VERSION
Si nous avons à faire à une publication (=version de projet) de type classification, nous pourrons indiquer le premier taxon de cette classification dans la table EFLORE_PROJET_VERSION_CLASSIFICATION.
Ensuite, nous devrons identifier dans la publication tous les taxons et créer autant d'entrer correspondante dans la table EFLORE_TAXON. Nous attriburons à chaque taxon un numéro (peut importe lequel). Ils devront commencer à 1 et être stocké dans ET_ID_TAXON.
Dans ET_ID_VERSION_PROJET_TAXON nous indiquerons l'identifiant de la version du projet définit précédement.
Pour identifier dans une publication le nombre de taxon, il suffit de repérer les noms corrects. A chaque nom correct correspond un taxon.
Nous attriburons les noms possédés par ces taxons, ainsi que leurs statuts dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
Il faudra hiérarchiser ces taxon en fonction de leur rang dans la table EFLORE_TAXON_HIERARCHISATION.
Il faudra établir les relations, entre ces taxons relatifs et ceux disponible provenant d'une autre publication, dans la table EFLORE_TAXON_RELATION.
Nous stockerons l'identifiant du type de projet " Travail sur les taxons" dans EPR_CE_TYPE_PROJET, dans EPR_CE_INTITULE_AUTEUR nous stockerons 0 qui correspond à la valeur nulle.
Nous mettrons l'identifiant de la personne (ou du groupe) voulant travailler dans eFlore dans EPR_CE_CONTRIBUTEUR_PROJET. Toutes les personnes ayant participé à au moins une version du projet devront être citées.
La personne pourra éventuellement compléter les champs EPR_INTITULE_PROJET, EPR_ABREVIATION_PROJET, EPR_DESCRIPTION_PROJET et EPR_LIEN_WEB en fonction de son projet.
Nous stockerons la valeur "non" (=0) dans EPR_MARK_CONSULTABLE tant que le projet n'est pas terminé. Une fois le projet terminé, si Tela Botanica veut l'ouvrir à la consultation sur son site, nous remplacerons cette valeur par "oui" (=1).
Chaque étape du travail de cette personne correspondra à une version de projet dont les informations seront stockées dans la table EFLORE_PROJET_VERSION.
Nous stockerons l'identifiant du projet correspondant dans EPRV_CE_PROJET, puis le type du projet (Article, index, classification, flore) dans EPRV_CE_TYPE_PROJET.
Nous indiquerons la valeur 0 dans EPRV_CE_OUVRAGE_SOURCE_VERSION.
Dans EPRV_CE_CONTRIBUTEUR_VERSION, nous pourrons indiquer l'identifiant du groupe ou de la personne ayant travaillé sur la version.
Si c'est le début du travail, nous indiquerons 1 dans EPRV_NUMERO_VERSION sinon nous ajouterons 1 au nombre le plus grand.
Le changement de version sera décidé par la personne (cela peut correspondre à une sauvegarde à un moment donnée). Si la personne désire changer le type de son projet, nous créérons automatiquement une nouvelle version possédant le nouveau type (forcément supérieur au type précédent).
Nous indiquerons la date de début de travail sur la version dans EPRV_DATE_DEBUT_VERSION et la date de fin lorsque le projet est sauvegardé ou change de type dans EPRV_DATE_FIN_VERSION
Si nous avons à faire à projet de type classification, nous pourrons indiquer le premier taxon de cette classification dans la table EFLORE_PROJET_VERSION_CLASSIFICATION.
Ensuite, la personne décidera sur combien de taxons elle veut travailler et nous créerons autant d'entrer correspondante dans la table EFLORE_TAXON. Nous attriburons à chaque taxon un numéro (peut importe lequel). Ils devront commencer à 1 et être stocké dans ET_ID_TAXON.
Dans ET_ID_VERSION_PROJET_TAXON nous indiquerons l'identifiant de la version du projet définit précédement.
Note : un nom correct correspond à un taxon.
Nous attriburons les noms possédés par ces taxons, ainsi que leurs statuts (synonyme taxonomique, synonyme nomenclatural) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
Si des statuts nomenclaturaux, correspondant à des choix taxonomiques, doivent être ajouté à un nom (pro parte, sensu...) nous ajouterons un nouveau nom dans la table EFLORE_NOM avec les statuts nomenclaturaux correspondant. Nous indiquerons aussi que ce nom appartient à la catégorie "Nom avec statut nomenclatural" et nous établirons la relation "a pour nom sans statut" vers le nom sans statut nomenclatural correspondant.
Il faudra hiérarchiser ces taxon en fonction de leur rang dans la table EFLORE_TAXON_HIERARCHISATION.
Il faudra établir les relations, entre les taxons relatifs à la personne et ceux disponible provenant d'une autre publication, dans la table EFLORE_TAXON_RELATION mais si le taxon est nouveau (ET_MARK_CREATION à 1), il n'aura pas de relation.
Grâce aux informations fournient dans la table EFLORE_SELECTION_NOM, nous pourrons rechercher pour chaque nom si le taxon relatif correspondant existe.
Le taxon relatif sera présent si la publication correspondante, dans laquelle le nom a été créé, a été informatisée.
En fonction du statut attribué dans la table EFLORE_SELECTION_NOM et des commentaires nomenclaturaux du nom, nous pourrons établir les relations suivantes entre le taxon relatif de la personne et celui de l'autre auteur :
Les projets liés aux taxons
Introduction
Un botaniste peut réaliser différentes manipulations sur un taxon. En voici la liste :- 1. décrire un nouveau taxon : provoque l'apparition d'un nouveau nom et d'un type nomenclatural.
- 2. rassembler plusieurs taxons : provoque la mise en synonyme taxonomique de plusieurs taxons, possédant chacun leur type nomenclatural.
- 3. dissocier plusieurs taxons en plusieurs nouveaux taxons : provoque l'apparition de nouveaux noms et de types nomenclaturaux. On aura éventuellement aussi la création d'autonyme.
- 4. changer le rang ou la position d'un taxon : provoque l'apparition d'un nouveau nom a relier à son basionyme.
- 5. redécrire un taxon décrit précédement par un autre auteur : c'est le tavail effectué par les auteurs de flores.
Un botaniste travaille en:
- en révisant un groupe taxonomique précis (jusqu'au règne...)
- sur une zone géographique donnée (jusqu'au niveau mondial)
- 1.les articles de botaniste : proposant des choix taxonomiques.
- 2.les index ou catalogues : reprenant des choix taxonomiques pour un ou plusieurs groupes sans forcément les lier tous entre eux.
- 3.les classifications : listant tous les choix taxonomiques pour un groupe donnée, les liants entre eux et leur attribuant éventuellement de nouvelles descriptions.
- 4.les flores : listant tous les choix taxonomiques pour un groupe donnée, les liants entre eux et leur attribuant de nouvelles descriptions.
Nous pouvons aussi isoler deux groupes dans ses 4 types :
- les publications où les descriptions de taxons sont obligatoires :
- les articles de révision de groupe
- les flores
- les publications où les descriptions de taxons ne sont pas obligatoires :
- les index
- les classifications
Ces decriptions sont donc comparables.
Le but dans eFlore est de pouvoir :
- stocker toutes les informations contenues dans ces publications.
- réaliser l'équivalant d'une publication directement dans eFlore
- stocker les données issues de standards pour pouvoir les utiliser
Nous venons de définir ici les différents types de projet de données stockables dans eFlore.
Nous pouvons donc essayer de classer toutes les publications scientifiques botaniques en fonction de ces types.
Mais certaines publications poseront problème car elle ne rentrerons pas complètement dans un type.
En effet, si nous considérons qu'une flore contient forcément des clés de déterminations, nous sommes dans l'erreur. En effet, certaines publications portant ce titre ne possède pas de clés.
Ainsi, pour qualifier réellement un projet, il faut pouvoir qualifier son contenu.
Il faut pouvoir dire cette flore possède:
- une classification
- des descriptions
- des dessins
- des clés
- des données chorologiques...
Ainsi, le modèle d'eFlore doit permettre pour chaque projet de chaque type indiquer les types de données qu'il contient.
Voir la liste des types de données ici .
Il doit permettre d'intégrer les choix taxonomiques des auteurs de publications et lier leurs données supplémentaires (information de chorologie, d'écologie...) à ces choix.
Nous devons aussi pouvoir créer des projets complétant les données d'auteurs de publications. Enfin, un botaniste travaillant directement dans eFlore doit pouvoir faire évoluer son projet.
Description des différents types de publications
Les publications créatrices de descriptions et de clés de détermination
Les articles botaniques
Dans un article, un botaniste va créer ou modifier des taxons. Il pourra effectuer les manipulations 1 à 4 citées dans l'introduction.Les flores
Dans une flore, un botaniste redécrit des taxons présents sur une zone géographiques donnée. Ces taxons ont pour la plupart était proposer par d'autre auteurs. Mais l'auteur de la flore peut dedans décrire aussi de nouveaux taxons, en rassembler ou en dissocier. Il peut donc réaliser les manipulations 1 à 5 citées dans l'introduction.Les publications non créatrices de descriptions
Les index taxonomique, catalogues, atlas...
Dans ces types de publications, l'auteur récupère les taxons issus des choix taxonomique d'autres auteur les ayant publié validement. Il attribué ensuite des données diverses (chorologie, phénologie...) à ces taxons.Les classifications
Une classification possède des taxons issus du choix taxonomique d'un auteur l'ayant publié validement, désigne un taxon de départ puis établit des relations qui sont le plus souvent du type "est le supérieur de". Un seul taxon ne possède pas de relation "est le supérieur de", celui qui se trouve au sommet de la classification.Notes sur la hiérarchisation des taxons :
Toutes ces publications (article, flore, index et classification) hiérarchisent leurs taxons. Nous devons donc pouvoir dans tous les projets utilisant la notion de taxon, hiérarchiser les taxons les uns par rapport aux autres en établissant des relations uniquement du type "est le supérieur de". Un ou plusieurs taxon peuvent ne pas posséder de relation "est le supérieur de" (exemple BDNFF qui contient seulement des taxons inférieurs au genre).
Les projets dans le modèle
Dans le modèle, les 3 types de projet (publication, travail et standard) seront indiqués dans la table EFLORE_PROJET_TYPE et pourront être attribué seulement à des projet ( table EFLORE_PROJET).Chacun de ces projets pourra avoir de 0 à n version de projets possédant chacune leurs types de données. Ainsi, nous pourrons ajouter de nouvelles données avec l'évolution d'un projet.
Si nous attribuons des types de données aux versions et non aux projet, c'est qu'un projet réalisé par un botaniste directement dans eFlore peut évoluer. Par exemple, un index peut devenir une flore. Ainsi pour faire évoluer un projet, il suffira qu'il change de version et ajoute les nouveaux types de données.
Cas de figure 1 : informatisation d'une publication papier
Nous considérerons que chaque intitulé d'auteur de publication différent correspond à un projet de type "informatisation de publication" dont les informations sont stockées dans la table EFLORE_PROJET.Nous stockerons l'identifiant du type de projet "informatisation de publication" dans EPR_CE_TYPE_PROJET, l'identifiant de l'intitulé d'auteur dans EPR_CE_INTITULE_AUTEUR, nous mettrons l'identifiant de la personne (ou du groupe) à l'origine de l'informatisation dans EPR_CE_CONTRIBUTEUR_PROJET. Toutes les personnes ayant participé à au moins à l'informatisation d'un ouvrage (=version) pour cet intitulé auteur (=projet) devront être citées.
Nous pourrons éventuellement compléter les champs EPR_INTITULE_PROJET, EPR_ABREVIATION_PROJET, EPR_DESCRIPTION_PROJET et EPR_LIEN_WEB.
Nous stockerons la valeur "non" (=0) dans EPR_MARK_CONSULTABLE tant que le projet n'est pas terminé. Une fois le projet terminé, nous remplacerons cette valeur par "oui" (=1).
Chaque publication parue avec cet intitulé d'auteur correspondra à une version de projet dont les informations sont stockées dans la table EFLORE_PROJET_VERSION.
Nous stockerons l'identifiant du projet correspondant dans EPRV_CE_PROJET, puis le type du projet (Article, index, classification, flore) dans EPRV_CE_TYPE_PROJET.
Nous indiquerons la référence à l'ouvrage en cours d'informatisation dans EPRV_CE_OUVRAGE_SOURCE_VERSION
Dans EPRV_CE_CONTRIBUTEUR_VERSION, nous pourrons indiquer l'identifiant du groupe ou de la personne ayant travaillé sur l'informatisation de l'ouvrage.
Si c'est le premier ouvrage informatisé pour ce projet (= pour cet intitulé d'auteur de publication), nous indiquerons 1 dans EPRV_NUMERO_VERSION sinon nous ajouterons 1 au nombre le plus grand.
Nous indiquerons la date de début d'informatisation dans EPRV_DATE_DEBUT_VERSION et la date de fin lorsque le projet d'informatisation sera terminé dans EPRV_DATE_FIN_VERSION
Si nous avons à faire à une publication (=version de projet) de type classification, nous pourrons indiquer le premier taxon de cette classification dans la table EFLORE_PROJET_VERSION_CLASSIFICATION.
Ensuite, nous devrons identifier dans la publication tous les taxons et créer autant d'entrer correspondante dans la table EFLORE_TAXON. Nous attriburons à chaque taxon un numéro (peut importe lequel). Ils devront commencer à 1 et être stocké dans ET_ID_TAXON.
Dans ET_ID_VERSION_PROJET_TAXON nous indiquerons l'identifiant de la version du projet définit précédement.
Pour identifier dans une publication le nombre de taxon, il suffit de repérer les noms corrects. A chaque nom correct correspond un taxon.
Nous attriburons les noms possédés par ces taxons, ainsi que leurs statuts dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
Il faudra hiérarchiser ces taxon en fonction de leur rang dans la table EFLORE_TAXON_HIERARCHISATION.
Il faudra établir les relations, entre ces taxons relatifs et ceux disponible provenant d'une autre publication, dans la table EFLORE_TAXON_RELATION.
Cas de figure 2 : travail d'un botaniste sur les taxons directement dans eFlore
Nous conscidérerons que chaque botaniste ou groupe de botaniste différent travaillant avec eFlore possède un projet de type "travail dans eFlore" dont les informations sont stockées dans la table EFLORE_PROJET.Nous stockerons l'identifiant du type de projet " Travail sur les taxons" dans EPR_CE_TYPE_PROJET, dans EPR_CE_INTITULE_AUTEUR nous stockerons 0 qui correspond à la valeur nulle.
Nous mettrons l'identifiant de la personne (ou du groupe) voulant travailler dans eFlore dans EPR_CE_CONTRIBUTEUR_PROJET. Toutes les personnes ayant participé à au moins une version du projet devront être citées.
La personne pourra éventuellement compléter les champs EPR_INTITULE_PROJET, EPR_ABREVIATION_PROJET, EPR_DESCRIPTION_PROJET et EPR_LIEN_WEB en fonction de son projet.
Nous stockerons la valeur "non" (=0) dans EPR_MARK_CONSULTABLE tant que le projet n'est pas terminé. Une fois le projet terminé, si Tela Botanica veut l'ouvrir à la consultation sur son site, nous remplacerons cette valeur par "oui" (=1).
Chaque étape du travail de cette personne correspondra à une version de projet dont les informations seront stockées dans la table EFLORE_PROJET_VERSION.
Nous stockerons l'identifiant du projet correspondant dans EPRV_CE_PROJET, puis le type du projet (Article, index, classification, flore) dans EPRV_CE_TYPE_PROJET.
Nous indiquerons la valeur 0 dans EPRV_CE_OUVRAGE_SOURCE_VERSION.
Dans EPRV_CE_CONTRIBUTEUR_VERSION, nous pourrons indiquer l'identifiant du groupe ou de la personne ayant travaillé sur la version.
Si c'est le début du travail, nous indiquerons 1 dans EPRV_NUMERO_VERSION sinon nous ajouterons 1 au nombre le plus grand.
Le changement de version sera décidé par la personne (cela peut correspondre à une sauvegarde à un moment donnée). Si la personne désire changer le type de son projet, nous créérons automatiquement une nouvelle version possédant le nouveau type (forcément supérieur au type précédent).
Nous indiquerons la date de début de travail sur la version dans EPRV_DATE_DEBUT_VERSION et la date de fin lorsque le projet est sauvegardé ou change de type dans EPRV_DATE_FIN_VERSION
Si nous avons à faire à projet de type classification, nous pourrons indiquer le premier taxon de cette classification dans la table EFLORE_PROJET_VERSION_CLASSIFICATION.
Ensuite, la personne décidera sur combien de taxons elle veut travailler et nous créerons autant d'entrer correspondante dans la table EFLORE_TAXON. Nous attriburons à chaque taxon un numéro (peut importe lequel). Ils devront commencer à 1 et être stocké dans ET_ID_TAXON.
Dans ET_ID_VERSION_PROJET_TAXON nous indiquerons l'identifiant de la version du projet définit précédement.
Note : un nom correct correspond à un taxon.
Nous attriburons les noms possédés par ces taxons, ainsi que leurs statuts (synonyme taxonomique, synonyme nomenclatural) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
Si des statuts nomenclaturaux, correspondant à des choix taxonomiques, doivent être ajouté à un nom (pro parte, sensu...) nous ajouterons un nouveau nom dans la table EFLORE_NOM avec les statuts nomenclaturaux correspondant. Nous indiquerons aussi que ce nom appartient à la catégorie "Nom avec statut nomenclatural" et nous établirons la relation "a pour nom sans statut" vers le nom sans statut nomenclatural correspondant.
Il faudra hiérarchiser ces taxon en fonction de leur rang dans la table EFLORE_TAXON_HIERARCHISATION.
Il faudra établir les relations, entre les taxons relatifs à la personne et ceux disponible provenant d'une autre publication, dans la table EFLORE_TAXON_RELATION mais si le taxon est nouveau (ET_MARK_CREATION à 1), il n'aura pas de relation.
Grâce aux informations fournient dans la table EFLORE_SELECTION_NOM, nous pourrons rechercher pour chaque nom si le taxon relatif correspondant existe.
Le taxon relatif sera présent si la publication correspondante, dans laquelle le nom a été créé, a été informatisée.
En fonction du statut attribué dans la table EFLORE_SELECTION_NOM et des commentaires nomenclaturaux du nom, nous pourrons établir les relations suivantes entre le taxon relatif de la personne et celui de l'autre auteur :
- correspond parfaitement au taxon... : statut nom correct
- rassemble le taxon... : statut synonyme taxonomique
- provient de la dissociation du taxon... : taxon relatif de la personne avec ET_MARK_CREATION Ã 1 et ( A COMPLETER )
- provient d'une partie de la dissociation du taxon... : taxon relatif de la personne avec ET_MARK_CREATION Ã 1 et ( A COMPLETER )
- change de rang le taxon... : statut synonyme nomenclatural avec le même rang pour les noms des deux taxons relatifs.
- change de positon le taxon... : : statut synonyme nomenclatural avec des rangs différents pour les noms des deux taxons relatifs.