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Une base de données se compose de tables comparable à une feuille Excel. Les informations contenues dans une table correspondent à une même notion.
Chaque table est donc une feuille comportant des colonnes . L'information contenue dans une table est donc découpée en éléments logiques qui sont stockées dans ces colonnes.
A chaque nom est affecté un numéro unique : son numéro nomenclatural
Nous avons donc pour l'instant des taxons et des noms, affectés chacun d'un numéro, taxonomique ou nomenclatural.
Un taxon peut posséder plusieurs noms, bien sûr ces noms auront différents statuts (nom correct, nom conservé -pour les familles-, synonyme nomenclatural, synonyme taxonomique...). Nous devons donc établir cette relation entre noms et taxons. C'est la table EFLORE_SELECTION_NOM qui permet cela.
Nous pouvons grâce à ces 3 tables stocker les taxons des différents projets et renseigner les noms qu'ils possèdent avec leur statut. Mais nous ne pouvons pas établir directement les relations qui existent entre les noms (synonymie nomenclaturale), ni celles qui existent entre les taxons.
Nous avons donc un référentiel des noms et plusieurs référentiels taxonomiques. Les relations sont établies entre le référentiel des noms et les référentiels taxonomiques grâce à la table EFLORE_SELECTION_NOM. Par contre, aucune relation directe n'existe entre les référentiels taxonomiques. Pour créer une telle relation, il faut établir des relations entre les taxons relatifs aux différents référentiels taxonomiques.
Nous avons pour l'instant 2 types de données les noms et les taxons.
Nous avons vu comment affecter des noms aux taxons mais pas encore comment gérer les relations entre noms ou taxons eux-mêmes.
Les taxons peuvent être hiérarchisés afin de former des classifications.
Les noms quant à eux peuvent être autonyme, une variété autonyme appartiendra à une sous-espèce autonyme, ou bien être lié à un autre nom basionyme...
La hiérarchie au niveau des taxons possèdent plusieurs niveaux qui peuvent être décomposé en unité de base qui comprennent un taxon 1, un taxon 2 (située juste au-dessous du taxon 1 dans la hiérarchie) et l'intitulé de la relation qui existe entre eux.
De même pour les noms, nous pourrons établir des relations entre eux en prenant un nom 1, un nom 2 et l'intitulé de la relation qui existe pour le nom 1 envers le nom 2.
Concrétement, pour établir ce genre de relations nous avons besoins de 3 tables.
Nous pourrons renseigner en se basant sur ce modèle de gestion des relations:
Ces différents types de travaux prennent placent au sein de projets qui seront menés dans eFlore.
Pour plus de détail sur la notion de projet voir :
Fonctionnement du modèle
Introduction
Une base de données se compose de tables comparable à une feuille Excel. Les informations contenues dans une table correspondent à une même notion.
Chaque table est donc une feuille comportant des colonnes . L'information contenue dans une table est donc découpée en éléments logiques qui sont stockées dans ces colonnes.
Les trois tables principales du modèle
Intitulés des 3 tables
Nous avons 3 tables principales dans le modèle :- EFLORE_NOM : contenant les noms.
- EFLORE_SELECTION_NOM : établissant la liaison entre noms et taxons.
- EFLORE_TAXON : contenant les taxons.
Description des 3 tables
- EFLORE_NOM : contient les noms latins des plantes cités dans la littérature. Ils sont découpés en éléments logiques. Par exemple, la partie du nom correspondant à l'épithète de l'espèce est stockée dans une colone particulière, de même pour le nom de genre. Pour les informations qui peuvent être répétés d'un nom à l'autre, nous avons des tables exterieures qui sont reliées à la table contenant les noms. Ainsi, les intitulés d'auteurs sont stockés dans une table extérieure et la table des noms contient seulement l'identifiant (un numéro) d'un intitulé d'auteur stocké dans la table des intitulés d'auteur.
A chaque nom est affecté un numéro unique : son numéro nomenclatural
- EFLORE_TAXON : contient les "taxons". Comme un taxon est une notion abstraite, un taxon est caratérisé par un numéro, son numéro taxonomique. Par ailleurs, il est lié au numéro d'une version de projet, car il est possible de gérer simultanément plusieurs projets taxonomiques. Ainsi, un taxon est relatif à un projet donné (notion de taxon relatif). Le fait qu'un taxon soit relié à une version de projet permet de stocker dans cette table unique des taxons appartenant à différents projets (BDNFF v2, v3, Flore de Coste, Flore de Bonnier, Euro+Med...). Nous aurons donc l'ensemble des taxons des différentes version de projet stockés dans les lignes de la table.
Nous avons donc pour l'instant des taxons et des noms, affectés chacun d'un numéro, taxonomique ou nomenclatural.
Un taxon peut posséder plusieurs noms, bien sûr ces noms auront différents statuts (nom correct, nom conservé -pour les familles-, synonyme nomenclatural, synonyme taxonomique...). Nous devons donc établir cette relation entre noms et taxons. C'est la table EFLORE_SELECTION_NOM qui permet cela.
- EFLORE_SELECTION_NOM : contient l'identifiant d'un taxon (numéro du taxon + numéro du projet) et l'identifiant d'un nom (numéro nomenclartural). Une autre colonne permet de stocker l'identifiant du statut du nom (nom correct, synonyme nomenclatural, synonyme taxonomiques...). On peut associer à un identifiant de taxon plusieurs identifiants de nom. Toutes ces associations correspondent à des lignes dans la table. On obtient grâce à cette table :
- taxon_1 : numtaxon_1 ; numnom_1 ; numprojet_1 ; statut : nom correct
- taxon_1 : numtaxon_1 ; numnom_2 ; numprojet_1 ; statut : synonyme taxonomique
- taxon_1 : numtaxon_1 ; numnom_3 ; numprojet_1 ; statut : synonyme taxonomique
- taxon_1 : numtaxon_1 ; numnom_3 ; numprojet_1 ; statut : synonyme nomenclatural
- taxon_1 : numtaxon_2 ; numnom_153 ; numprojet_1 ; statut : noms correct
- taxon_1 : numtaxon_2 ; numnom_154 ; numprojet_1 ; statut : synonyme taxonomique
Conclusion sur les 3 tables
Ces 3 tables permettent de mettre en commun les noms latins de tous les projets et de distinguer les taxons de chacun d'entre eux. Les données objectives (les noms) sont mises en commun alors que pour les données subjectives (les taxons) on indique l'origine du projet les apportant.Nous pouvons grâce à ces 3 tables stocker les taxons des différents projets et renseigner les noms qu'ils possèdent avec leur statut. Mais nous ne pouvons pas établir directement les relations qui existent entre les noms (synonymie nomenclaturale), ni celles qui existent entre les taxons.
Nous avons donc un référentiel des noms et plusieurs référentiels taxonomiques. Les relations sont établies entre le référentiel des noms et les référentiels taxonomiques grâce à la table EFLORE_SELECTION_NOM. Par contre, aucune relation directe n'existe entre les référentiels taxonomiques. Pour créer une telle relation, il faut établir des relations entre les taxons relatifs aux différents référentiels taxonomiques.
Comment gérer les relations entre taxons ou entre noms ?
Nous avons pour l'instant 2 types de données les noms et les taxons.
Nous avons vu comment affecter des noms aux taxons mais pas encore comment gérer les relations entre noms ou taxons eux-mêmes.
Les taxons peuvent être hiérarchisés afin de former des classifications.
Les noms quant à eux peuvent être autonyme, une variété autonyme appartiendra à une sous-espèce autonyme, ou bien être lié à un autre nom basionyme...
La hiérarchie au niveau des taxons possèdent plusieurs niveaux qui peuvent être décomposé en unité de base qui comprennent un taxon 1, un taxon 2 (située juste au-dessous du taxon 1 dans la hiérarchie) et l'intitulé de la relation qui existe entre eux.
De même pour les noms, nous pourrons établir des relations entre eux en prenant un nom 1, un nom 2 et l'intitulé de la relation qui existe pour le nom 1 envers le nom 2.
Concrétement, pour établir ce genre de relations nous avons besoins de 3 tables.
- une table stockant les données (par exemple les noms dans EFLORE_NOM)
- une table permettant de stocker les relations (par exemple nom 1, nom 2 et relation "a pour basionyme" dans EFLORE_NOM_RELATION)
- une table stockant les intitulés de relation (comme "a pour basionyme" dans EFLORE_NOM_RELATION_QUALIFICATIF) pour éviter de les écrire à chaque fois.
Différents types de travaux basés sur ce modèle de gestion des relations
Nous pourrons renseigner en se basant sur ce modèle de gestion des relations:
- pour les noms : la relation d'un nom vers son basionyme, les relations entre homonymes, les relations entre un autonyme et son nom ...
- pour les taxons : les classifications, changements taxonomiques des différents auteurs botanistes (rassemblement de taxon ou dissociation), les correspondances entre taxons de différents projets (référentiel taxonomique), les correspondances de desciption entre les taxons de différents projets...
Ces différents types de travaux prennent placent au sein de projets qui seront menés dans eFlore.
Pour plus de détail sur la notion de projet voir :