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Premier point , un nom correspond à une planche d'herbier (type nomenclatural). Mais une planche d'herbier qui représente un taxon peut avoir reçue plusieurs noms en fonction des avis des botanistes au cours du temps. Chacun de ces botanistes conscidérait alors la planche d'herbier comme un taxon mais en le changeant de rang ou position dans la classification lui attribuez un un nouveau nom correct.
Le premier nom appliqué au taxon représenté sur cette planche d'herbier est le basionyme. Mais tous ces noms (basionyme compris) sont des synonymes nomcenclaturaux.
Le repérage du basionyme et des synonymes d'un type nomenclatural est le vérifiable objectif d'un référentiel nomenclatural.
Ainsi, on peut établir LE référentiel nomenclatural en identifiant les noms basionymes et en indiquant des relations entre noms du style :
le nom 1 Ã pour basionyme le nom 2
Et bien tout dépend du point de vue que l'on adopte. Tous ces noms basionyme compris sont des noms corrects mais selon le point de vue d'un botaniste.
Bien entendu, parmis ces points de vue certains sont faux car ont a pu le prouver mais d'autre non. Ces points de vue se succède dans le temps. Ainsi, plusieurs noms corrects peuvent exister en fonction du point de vue.
Second point, un botaniste (dit rassembleur) peut conscidérer plusieurs planches d'herbier comme appartenant au même taxon. S'il rassemble ces planches en créant un seul nouveau taxon, il lui donnera le nom correct, issu des différentes planches, le plus ancien. Tous les autres noms corrects des planches d'herbier deviendront des synonymes taxonomiques du nom correct le plus ancien. Les synonymes nomenclaturaux des différents noms corrects deviendront les synonymes nomenclaturaux du nom correct le plus ancien.
Troisième point, un botaniste (dit diviseur) peut conscidérer que plusieurs taxons se cache au sein d'une planches d'herbier. Il va donc créer de nouvelles planches d'herbiers pour les nouveaux taxons qui correspondent pas exactement à la planche d'herbier originale. Mais la planche d'herbier originale prendra un nouveau nom correct et représentera un nouveaux taxon pour ce botaniste diviseur.
Bien entendu, certains changements traduisent une meilleure connaissance biologique qui permetraient à terme d'atteindre une classification naturelle unique.
Le but d'un référentiel taxonomique est donc d'identifier les changements ayant une réelle valeur scientifique.
Pour ce faire, un référentiel taxonomique doit travailler de cette façons dans eFlore :
désigner des taxons qu'il conscidère comme actuels et corrects. Attribuer à ceux-ci leurs synonymes taxonomiques. Récupérer leurs synonymes nomenclaturaux grâce au référentiel nomenclatural. Ranger hiérarchiquement les taxons actuels pour former une classification.
Mais on voit là qu'un travail plus intéressant (utopique???) serait de recréer l'historique des modifications taxonomiques et de faire figurer les points de vue des différents auteurs.
Les taxons au dessus du rang d'espèce n'ont pas d'existence propre, ce sont des concepts. Un taxon supérieur au rang d'espèce regroupe des taxons de rang infèrieur en se basant sur la présence de certains caractères commun. Plus on se rapproche du sommet de la pyramide plus les caractères communs se font rare. Ainsi, plus le rang d'un taxon est elevé plus il est dificile de le faire changer de rang ou position. Ainsi, il est envisageable d'identifier tous les taxons supèrieurs ou égaux au rang de genre.
Nous appelerons une classification, un arbre hiérarchique de taxons dont la base est consituée de genre.
Une classification donnée correspondra à un projet intitulé : "Projet de classification".
On doit la aussi pouvoir identifier et intégrer dans eFlore toutes les classifications créées.
Pour réaliser un changement de nom, un botaniste doit réaliser une publication. Le nom sera alors lié à cette publication.
Nous devons donc conscidérer dans eFlore que nous avons des taxons relatifs à une publication d'un botaniste donné.
Un publication établit aussi la hiérarchie (classification) des taxons qu'elle propose. Cette classification n'a pas besoin d'être exhaustive.
Si le botaniste à révisé un seul genre d'une classification donnée... sa modification sera prise en comtpe uniquement à ce niveau.
La classification de ce botaniste doit pouvoir être raccroché à une classification plus vaste.
D'autre botaniste peuvent alors reprendre (dans des flores par exemple) ce nom mais faire une erreur lors de la description du taxon ou dans une clé de détermination.
Essayons de rapprocher cette notion des tables du modèle :
nous avons une table EFLORE_TAXON_RELATIF qui stocke les taxons relatifs sous forme d'un numéro de taxon et d'un numéro de version de projet.
Nous devons conscidéré qu'une publication est une version d'un projet. Le projet lui correspondra à un botaniste ou groupe de botaniste donné. Ainsi, on a bien un botaniste (EFLORE_PROJET) qui publie différents articles ou ouvrages (EFLORE_PROJET_VERSION) durant sa vie. Chanque article ou ouvrage apporte son lot de taxons.
Ce type de projet sera appelé : "Projet de taxons". La flore de Coste est une version du projet Coste.
Nous allons donc intégrer dans eFlore, autant de version de projet que d'intitulés de publication différents possédés par les 75000 noms de la BDNFF.
Ces taxons possédant des noms de Genre pourront être raccordé à un ou plusieurs "projet de classification". Ce raccordement basé sur le nom de genre correct d'un taxon et la présence de ce même nom de genre dans la classification pourra être réalisé de manière automatique par informatique.
De même, la hiérarchie des taxons au desous du genre pourra être reconstituée automatiquement.
Chaque projet de classification aura ses propre taxons relatifs.
Ainsi, la relation entre un taxon relatif au projet de taxons et le taxon relatif au projet de classification pourra être établie dans la table EFLORE_TAXON_RELATION. L'intitulé de la relation unissant ces 2 taxons, stocké dans la table EFLORE_TAXON_RELATION_QUALIFICATIF, sera du type "est supérieur à ".
Nous pouvons donc en se basant sur le nom correct d'un taxon relatif actuel établir une relation du type : "possède le même nom correct que" avec un ou plusieurs éventuels autres taxons.
Par contre, nous ne pouvons pas dire si les descriptions faîtes par les différents auteurs sont correctes. Ce travail là ne peut pas être fait de façon automatique...
Il faudra donc rajouter une table permettant de stocker les intitulés correspondant à la similarité des descriptions.
Notions de taxon et de synonyme
Le travail d'un botaniste au niveau taxonomie
Synonymes nomenclaturaux et basionyme
Premier point , un nom correspond à une planche d'herbier (type nomenclatural). Mais une planche d'herbier qui représente un taxon peut avoir reçue plusieurs noms en fonction des avis des botanistes au cours du temps. Chacun de ces botanistes conscidérait alors la planche d'herbier comme un taxon mais en le changeant de rang ou position dans la classification lui attribuez un un nouveau nom correct.
Le premier nom appliqué au taxon représenté sur cette planche d'herbier est le basionyme. Mais tous ces noms (basionyme compris) sont des synonymes nomcenclaturaux.
Le repérage du basionyme et des synonymes d'un type nomenclatural est le vérifiable objectif d'un référentiel nomenclatural.
Ainsi, on peut établir LE référentiel nomenclatural en identifiant les noms basionymes et en indiquant des relations entre noms du style :
le nom 1 Ã pour basionyme le nom 2
Nom correct
Mais voilà , parmis ces noms se cache le nom correct. Mais comment savoir quel est le nom correct du taxon présent sur la planche d'herbier?Et bien tout dépend du point de vue que l'on adopte. Tous ces noms basionyme compris sont des noms corrects mais selon le point de vue d'un botaniste.
Bien entendu, parmis ces points de vue certains sont faux car ont a pu le prouver mais d'autre non. Ces points de vue se succède dans le temps. Ainsi, plusieurs noms corrects peuvent exister en fonction du point de vue.
Autonyme
Synonymes taxonomiques et fusion de taxons
Second point, un botaniste (dit rassembleur) peut conscidérer plusieurs planches d'herbier comme appartenant au même taxon. S'il rassemble ces planches en créant un seul nouveau taxon, il lui donnera le nom correct, issu des différentes planches, le plus ancien. Tous les autres noms corrects des planches d'herbier deviendront des synonymes taxonomiques du nom correct le plus ancien. Les synonymes nomenclaturaux des différents noms corrects deviendront les synonymes nomenclaturaux du nom correct le plus ancien.
Dissociation d'un taxon
Troisième point, un botaniste (dit diviseur) peut conscidérer que plusieurs taxons se cache au sein d'une planches d'herbier. Il va donc créer de nouvelles planches d'herbiers pour les nouveaux taxons qui correspondent pas exactement à la planche d'herbier originale. Mais la planche d'herbier originale prendra un nouveau nom correct et représentera un nouveaux taxon pour ce botaniste diviseur.
Vers un référentiel taxonomique unique
Bien entendu, certains changements traduisent une meilleure connaissance biologique qui permetraient à terme d'atteindre une classification naturelle unique.
Le but d'un référentiel taxonomique est donc d'identifier les changements ayant une réelle valeur scientifique.
Un référentiel taxonomique aujourd'hui
Pour ce faire, un référentiel taxonomique doit travailler de cette façons dans eFlore :
désigner des taxons qu'il conscidère comme actuels et corrects. Attribuer à ceux-ci leurs synonymes taxonomiques. Récupérer leurs synonymes nomenclaturaux grâce au référentiel nomenclatural. Ranger hiérarchiquement les taxons actuels pour former une classification.
Mais on voit là qu'un travail plus intéressant (utopique???) serait de recréer l'historique des modifications taxonomiques et de faire figurer les points de vue des différents auteurs.
Le travail d'un botaniste et les publications
Réalisation de classification
Les taxons au dessus du rang d'espèce n'ont pas d'existence propre, ce sont des concepts. Un taxon supérieur au rang d'espèce regroupe des taxons de rang infèrieur en se basant sur la présence de certains caractères commun. Plus on se rapproche du sommet de la pyramide plus les caractères communs se font rare. Ainsi, plus le rang d'un taxon est elevé plus il est dificile de le faire changer de rang ou position. Ainsi, il est envisageable d'identifier tous les taxons supèrieurs ou égaux au rang de genre.
Nous appelerons une classification, un arbre hiérarchique de taxons dont la base est consituée de genre.
Une classification donnée correspondra à un projet intitulé : "Projet de classification".
On doit la aussi pouvoir identifier et intégrer dans eFlore toutes les classifications créées.
Description de taxon = publication
Pour réaliser un changement de nom, un botaniste doit réaliser une publication. Le nom sera alors lié à cette publication.
Nous devons donc conscidérer dans eFlore que nous avons des taxons relatifs à une publication d'un botaniste donné.
Un publication établit aussi la hiérarchie (classification) des taxons qu'elle propose. Cette classification n'a pas besoin d'être exhaustive.
Si le botaniste à révisé un seul genre d'une classification donnée... sa modification sera prise en comtpe uniquement à ce niveau.
La classification de ce botaniste doit pouvoir être raccroché à une classification plus vaste.
D'autre botaniste peuvent alors reprendre (dans des flores par exemple) ce nom mais faire une erreur lors de la description du taxon ou dans une clé de détermination.
Essayons de rapprocher cette notion des tables du modèle :
nous avons une table EFLORE_TAXON_RELATIF qui stocke les taxons relatifs sous forme d'un numéro de taxon et d'un numéro de version de projet.
Nous devons conscidéré qu'une publication est une version d'un projet. Le projet lui correspondra à un botaniste ou groupe de botaniste donné. Ainsi, on a bien un botaniste (EFLORE_PROJET) qui publie différents articles ou ouvrages (EFLORE_PROJET_VERSION) durant sa vie. Chanque article ou ouvrage apporte son lot de taxons.
Ce type de projet sera appelé : "Projet de taxons". La flore de Coste est une version du projet Coste.
Nous allons donc intégrer dans eFlore, autant de version de projet que d'intitulés de publication différents possédés par les 75000 noms de la BDNFF.
Ces taxons possédant des noms de Genre pourront être raccordé à un ou plusieurs "projet de classification". Ce raccordement basé sur le nom de genre correct d'un taxon et la présence de ce même nom de genre dans la classification pourra être réalisé de manière automatique par informatique.
De même, la hiérarchie des taxons au desous du genre pourra être reconstituée automatiquement.
Chaque projet de classification aura ses propre taxons relatifs.
Ainsi, la relation entre un taxon relatif au projet de taxons et le taxon relatif au projet de classification pourra être établie dans la table EFLORE_TAXON_RELATION. L'intitulé de la relation unissant ces 2 taxons, stocké dans la table EFLORE_TAXON_RELATION_QUALIFICATIF, sera du type "est supérieur à ".
Nous pouvons donc en se basant sur le nom correct d'un taxon relatif actuel établir une relation du type : "possède le même nom correct que" avec un ou plusieurs éventuels autres taxons.
Par contre, nous ne pouvons pas dire si les descriptions faîtes par les différents auteurs sont correctes. Ce travail là ne peut pas être fait de façon automatique...
Il faudra donc rajouter une table permettant de stocker les intitulés correspondant à la similarité des descriptions.