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La BDNFF est reçue sous forme de fichier FileMaker 5.5. Il est nécessaire de l'ouvrir avec FileMaker pour l'exporter au format CSV (texte séparé par des tabulations).
Une fois au format CSV, le fichier peut être traité par un programme écrit en PERL qui l'analyse et introduit directement les données dans les tables d'une base de données Mysql.
1.Nous intégrerons dans la table EFLORE_NOM tous les noms de la BDNFF.
Cela impliquera de :
2.Nous indentifierons les basionymes repérés dans la BDNFF
3.Nous établirons les relations entre noms du type " a pour basionyme" dans la table EFLORE_NOM_RELATION.
4.Nous établirons les relations entre noms du type " a pour autonyme" dans la table EFLORE_NOM_RELATION.
5.Nous établirons les relations entre noms du type " a pour homonyme" dans la table EFLORE_NOM_RELATION.
6.Nous intègrerons dans EFLORE_TAXON_RELATIF autant de taxon relatifs que de numéro taxonomique différents dans la BDNFF.
7.Nous établirons le lien entre chaque taxons relatifs (EFLORE_TAXON_RELATIF) et son nom correct (EFLORE_NOM) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
8.Nous établirons les liens entre chaque taxons relatifs (EFLORE_TAXON_RELATIF) et ses synonymes taxonomiques (EFLORE_NOM) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
9.Nous établirons les liens entre chaque taxons relatifs (EFLORE_TAXON_RELATIF) et ses synonymes nomenclaturaux (EFLORE_NOM) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
10.Nous indiquerons le numéro taxonomique et le numéro nomenclatural de l'association nom-taxon dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
11.Nous établissons la hiérarchie des taxons définie par la BDNFF dans la table EFLORE_CLASSIFICATION.
Notes : La BDNFF ne possédant pas de description de taxon mais reprenant celle existantante dans d'autres publication, nous devrons la conscidérer comme un "projet de référentiel taxonomique".
12.Les noms de Coste, Bonnier etc... qui sont repérés dans la BDNFF permettront de créer des projets de taxon relatif corresespondant dans EFLORE_PROJET et EFLORE_VERSION_PROJET.
Notes : on voit bien ici que ces projets possédant des descriptions ou des clés de détermination de taxons devront être conscidéré comme des "projets de taxons relatifs".
13.Nous intègrerons dans EFLORE_TAXON_RELATIF autant de taxon relatifs que de noms corrects différents pour le projet Coste, puis idem pour le projet Bonnier etc...
14.Nous établirons le lien entre chaque taxons relatifs (EFLORE_TAXON_RELATIF) et son nom correct (EFLORE_NOM) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM pour chaque projet.
15.Nous établirons les liens entre chaque taxons relatifs (EFLORE_TAXON_RELATIF) et ses synonymes (EFLORE_NOM) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM pour chaque projet. Nous préciserons le type (nomenclatural, taxonomique) si c'est possible.
16.Nous indiquerons le numéro, code ou identifiant de l'association nom-taxon dans la table EFLORE_SELECTION_NOM pour chaque projet.
17.Nous établissons la hiérarchie des taxons définie par chacun des projets dans la table EFLORE_CLASSIFICATION.
18. Nous établirons les relations entre les taxons relatifs du projet de référentiel BDNFF et les taxons relatifs des autres projets dans la table EFLORE_TAXON_RELATION.
19.Nous indiquerons à chaque fois si la correspondance est "parfaite", "partielle" ou "inexistante" grâce à la table EFLORE_TAXON_RELATION_QUALIFICATIF .
20.Nous indiquerons à chaque fois si la correspondance est "parfaite", "partielle" ou "inexistante" grâce à la table EFLORE_TAXON_RELATION_QUALIFICATIF .
11.Nous établissons autant de projets (EFLORE_PROJET) que d'intitulé de botaniste à l'origine d'un nouveau nom.
11.Nous établissons autant de versions de projets (EFLORE_PROJET_VERSION) que de publication différente intitulé de botaniste à l'origine d'un nouveau nom.
Etapes de l'intégration des données de la BDNFF
La BDNFF est reçue sous forme de fichier FileMaker 5.5. Il est nécessaire de l'ouvrir avec FileMaker pour l'exporter au format CSV (texte séparé par des tabulations).
Une fois au format CSV, le fichier peut être traité par un programme écrit en PERL qui l'analyse et introduit directement les données dans les tables d'une base de données Mysql.
Etapes de l'intégration des données dans le modèle d'eFlore
1.Nous intégrerons dans la table EFLORE_NOM tous les noms de la BDNFF.
Cela impliquera de :
- stocker les intitulés des auteurs dans la table (EFLORE_BOTANISTE_INTITULE_ABREVIATION)Note : l'attribution des noms de botaniste composant l'intitulé pourra se faire ultérieurement quand on intègrera les données dans le module Botanistes.
- stocker les intitulés des citations biblio dans la table (EFLORE_NOM_CITATION).Note : l'attribution des identifiant de publication comprenant la citation pourra se faire ultérieurement quand on intègrera les données dans le module Publication.
- stocker les intitulés des commentaires nomenclaturaux dans la table (EFLORE_NOM_COMMENTAIRE) et leurs attribuer leurs types (EFLORE_NOM_COMMENTAIRE_TYPE).
- attribuer un rang au nom (EFLORE_NOM_RANG)
2.Nous indentifierons les basionymes repérés dans la BDNFF
3.Nous établirons les relations entre noms du type " a pour basionyme" dans la table EFLORE_NOM_RELATION.
4.Nous établirons les relations entre noms du type " a pour autonyme" dans la table EFLORE_NOM_RELATION.
5.Nous établirons les relations entre noms du type " a pour homonyme" dans la table EFLORE_NOM_RELATION.
6.Nous intègrerons dans EFLORE_TAXON_RELATIF autant de taxon relatifs que de numéro taxonomique différents dans la BDNFF.
7.Nous établirons le lien entre chaque taxons relatifs (EFLORE_TAXON_RELATIF) et son nom correct (EFLORE_NOM) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
8.Nous établirons les liens entre chaque taxons relatifs (EFLORE_TAXON_RELATIF) et ses synonymes taxonomiques (EFLORE_NOM) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
9.Nous établirons les liens entre chaque taxons relatifs (EFLORE_TAXON_RELATIF) et ses synonymes nomenclaturaux (EFLORE_NOM) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
10.Nous indiquerons le numéro taxonomique et le numéro nomenclatural de l'association nom-taxon dans la table EFLORE_SELECTION_NOM.
11.Nous établissons la hiérarchie des taxons définie par la BDNFF dans la table EFLORE_CLASSIFICATION.
Notes : La BDNFF ne possédant pas de description de taxon mais reprenant celle existantante dans d'autres publication, nous devrons la conscidérer comme un "projet de référentiel taxonomique".
12.Les noms de Coste, Bonnier etc... qui sont repérés dans la BDNFF permettront de créer des projets de taxon relatif corresespondant dans EFLORE_PROJET et EFLORE_VERSION_PROJET.
Notes : on voit bien ici que ces projets possédant des descriptions ou des clés de détermination de taxons devront être conscidéré comme des "projets de taxons relatifs".
13.Nous intègrerons dans EFLORE_TAXON_RELATIF autant de taxon relatifs que de noms corrects différents pour le projet Coste, puis idem pour le projet Bonnier etc...
14.Nous établirons le lien entre chaque taxons relatifs (EFLORE_TAXON_RELATIF) et son nom correct (EFLORE_NOM) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM pour chaque projet.
15.Nous établirons les liens entre chaque taxons relatifs (EFLORE_TAXON_RELATIF) et ses synonymes (EFLORE_NOM) dans la table EFLORE_SELECTION_NOM pour chaque projet. Nous préciserons le type (nomenclatural, taxonomique) si c'est possible.
16.Nous indiquerons le numéro, code ou identifiant de l'association nom-taxon dans la table EFLORE_SELECTION_NOM pour chaque projet.
17.Nous établissons la hiérarchie des taxons définie par chacun des projets dans la table EFLORE_CLASSIFICATION.
18. Nous établirons les relations entre les taxons relatifs du projet de référentiel BDNFF et les taxons relatifs des autres projets dans la table EFLORE_TAXON_RELATION.
19.Nous indiquerons à chaque fois si la correspondance est "parfaite", "partielle" ou "inexistante" grâce à la table EFLORE_TAXON_RELATION_QUALIFICATIF .
20.Nous indiquerons à chaque fois si la correspondance est "parfaite", "partielle" ou "inexistante" grâce à la table EFLORE_TAXON_RELATION_QUALIFICATIF .
11.Nous établissons autant de projets (EFLORE_PROJET) que d'intitulé de botaniste à l'origine d'un nouveau nom.
11.Nous établissons autant de versions de projets (EFLORE_PROJET_VERSION) que de publication différente intitulé de botaniste à l'origine d'un nouveau nom.