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Le point de départ de cette succession de programmes est constitué par les fichiers de données phytosociologiques et de localisation stationnelle des relevés. Il suppose également la disposition des coordonnées des communes et de fichiers floristiques mais, non directement, du fichier des références bibliographiques.
Il comporte cinq parties portant successivement sur la gestion et le contrôle des coordonnées des stations, la gestion des numéros et des noms des plantes ainsi que la création de « plantes à seuil d’abondance » (PASA), l’introduction de trois hypothèses dans les données phytosociologiques, la caractérisation socio-écologique des plantes et enfin, la classification proprement dite.
Actuellement la réduction des relevés en noyaux de relevés se passe en deux temps (QDR suivi de QDT). Il est possible de faire une seule étape (QDR).
Les 4 programmes suivants sont périmés (fausse piste)
REPER : détermination des repères et de leurs caractéristiques
Reprise avec les programmes qui avaient marché en 2002
QDB : création de noyaux sur une base géographique : découpage de la France en bandes et en colonnes (remplace QDR)
DEB : remise en forme des résultats issus de QDT : résultat 3945 « noyaux » ! Ce n’est pas assez !
5. CLARL : programme de classification par agrégations successives (Cah) fondée sur leurs centres de gravité (WPGM)
DEN : trace le dendrogramme des relevés
Envoi des résultats de ces premiers résultats sur le site de SOPHY
Les noms des associations donnés par leurs auteurs aux tableaux phytosociologiques permettront de renseigner chacun des relevés de ces nouvelles classifications. La confrontation entre les classifications numériques et empiriques montrera l’apport de chacune à la connaissance des milieux.
Certains relevés, présentés à titre d’exemple, pourront faire l’objet d’une fiche de renseignements mentionnant la source bibliographique, le titre du tableau d’où ils sont extraits, leur appartenance à un syntaxon (en latin et en français), ainsi que leur localisation et leur réécriture écologique.
Dans l’ordre des applications envisagées ultérieurement, il y aura l’affectation de nouveaux relevés non encore inclus dans la banque SOPHY à un mésotype voire à un syntaxon.
CLASSIFICATION SOCIOECOLOGIQUE DES RELEVES
Succession des programmes
Actualisation du 2 octobre 2009
Le point de départ de cette succession de programmes est constitué par les fichiers de données phytosociologiques et de localisation stationnelle des relevés. Il suppose également la disposition des coordonnées des communes et de fichiers floristiques mais, non directement, du fichier des références bibliographiques.
Il comporte cinq parties portant successivement sur la gestion et le contrôle des coordonnées des stations, la gestion des numéros et des noms des plantes ainsi que la création de « plantes à seuil d’abondance » (PASA), l’introduction de trois hypothèses dans les données phytosociologiques, la caractérisation socio-écologique des plantes et enfin, la classification proprement dite.
1°) Gestion stationnelle
Noms des programmes- Fichiers utilisés et produits
- ST*.DGR -> ST*.GRD
- SOCOMPAR
- LISTESTA
- LISTECOM
- ST*.* -> NS*.
- STAT*.* et LIEU*.*
- ADSTA et ADSTA.DP
2°) Gestion des plantes
E : extraction des numéros des plantes (EXTFLO)- ACDI*.* et EFLP*.*
- FLNI*.*, FLEL*.*
- FLNI*.TIS
- T*. -> C:\NVF\ NV*.
3°) Gestion des relevés : introduction de 3 hypothèses dans les relevés
- une plante abondante est généralement plus indicatrice que la même plante quelle que soit ses abondances : introduction des PASA dans les relevés ;
- lorsque pour une même plante plusieurs strates sont notées dans un relevé, prendre la plus forte revient à dire que le milieu autorise cette abondance forte ;
- lorsqu’un taxon infra-spécifique (TIS) est noté dans un relevé, ceci implique que le binome y est également présent : le taxon de rang spécifique est ajouté. En effet, certains botanistes notent, pour un TIS, seulement l’indication de l’espèce au motif qu’il s’agit « toujours du même TIS » et d’autres seulement le nom du TIS.
- NV*. -> C:\SR\SR*.
4°) Caractérisation socio-écologique des plantes
RIC : réécriture des relevés en accès-direct, à raison d’un relevé par enregistrement, concerne tous les relevés- SR*. -> ACDIRLV(1 à 4)
- SR* -> SEQUENTI.RYC
- PLS*.* -> FLNIQD29.PLQ
- FRCO*.*
- FIDELITE.* et FIDELINO.*
5°) Classification des relevés : la hiérarchie supérieure
La classification des relevés ne peut pas être effectuée d’emblée en raison de l’effectif très important (175.000) des relevés à classer. Il est nécessaire de procéder à la réduction du nombre d’objets à classer, tout en conservant la précision apportée par les phytosociologues. Pour cela on détermine un certain nombre de « relevés repères » autour desquels vont être associés les relevés les plus écologiquement similaires. Ces ensembles, relevés repères et relevés associés, constituent des « noyaux ». Ce sont ces noyaux qui vont être classés parce que peu nombreux (entre 5000 et 10.000). Dans une deuxième étape, après la classification des noyaux, les relevés de certaines grappes de noyaux seront à leur tour classés. La classification des noyaux a pour but de montrer la hiérarchie générale de l’ensemble des relevés, notamment leur hiérarchie supérieure, les classifications des grappes de noyaux préciseront les similitudes écologiques entre les relevés et montreront les limites de la subdivisibilité de leurs regroupements.Actuellement la réduction des relevés en noyaux de relevés se passe en deux temps (QDR suivi de QDT). Il est possible de faire une seule étape (QDR).
Les 4 programmes suivants sont périmés (fausse piste)
REPER : détermination des repères et de leurs caractéristiques
- NOMREPER, OBSERV.RPR, VDISANFO, PLADISCR
- ..\NOY\OBSERV.NOI, CPSREPER
- ..\NOY\EXTRACT.TXT
- ..\FDM\NOYAUREP, OBSERV.FDM
Reprise avec les programmes qui avaient marché en 2002
QDB : création de noyaux sur une base géographique : découpage de la France en bandes et en colonnes (remplace QDR)
- Effectif maximum d’un noyau : 1000 relevés. Passer à 1500 ou 2000 ?
- Classification des relevés par paquets de 1000 (1500 ou 2000). Conservation des noyaux ayant au plus 30 relevés.
- Plus de 20.000 noyaux obtenus : c’est trop. Remède : noyaux de 50 relevés
- GO TO 5
DEB : remise en forme des résultats issus de QDT : résultat 3945 « noyaux » ! Ce n’est pas assez !
5. CLARL : programme de classification par agrégations successives (Cah) fondée sur leurs centres de gravité (WPGM)
- CLASSINO, NOYAUREP, SORCLASS
DEN : trace le dendrogramme des relevés
- DENDRORL, SORDERLV
- BONRELEV et GRPTABRL
- NOYAURLV.FDM
- SONIVRLV, PDIFIDRL, DENREDUI.NIV
- Crée également …………………
- M*, N* et O* (au total 10 types de fichiers)
- M*.GIF
- MEDIANES.MED
- L*. et H*. APPLAMES et DENREDUI
- X*. et Z*. COMPARMES
Envoi des résultats de ces premiers résultats sur le site de SOPHY
6°) Classification des relevés : la hiérarchie inférieure
Les noms des associations donnés par leurs auteurs aux tableaux phytosociologiques permettront de renseigner chacun des relevés de ces nouvelles classifications. La confrontation entre les classifications numériques et empiriques montrera l’apport de chacune à la connaissance des milieux.
Certains relevés, présentés à titre d’exemple, pourront faire l’objet d’une fiche de renseignements mentionnant la source bibliographique, le titre du tableau d’où ils sont extraits, leur appartenance à un syntaxon (en latin et en français), ainsi que leur localisation et leur réécriture écologique.
Dans l’ordre des applications envisagées ultérieurement, il y aura l’affectation de nouveaux relevés non encore inclus dans la banque SOPHY à un mésotype voire à un syntaxon.