Serveur Agathis

• la production et le test pour les webservices et bases de données
• la surveillance des serveurs avec Munin
• le stockage des données volumineuses avec le RAID 5 /grosdur (images du CeL, backups des VMs, cache de tuiles OpenStreetMap, documents Cumulus...)
• le CDN maison "resources" https://resources.tela-botanica.org
• l'extraction de données OpenStreetMap chaque nuit

Caractéristiques

• Emplacement : Local technique de SupAgro, bât. 21
• Code matériel Tela Botanica : TB-079
• Modèle : DELL PowerEdge R510 (guide technique)

• Date achat : 6 avril 2011
• Date mise en service : juin 2011
• Date de fin de garantie : 04/2018

Configuration

• Système : Debian 6 (Squeeze)
• IPs : 147.99.34.2 / 10.99.34.2

Disques

• Système : Raid 1 sur 2 disque 2.5' à 10.000 Trs/mn de 300Go (146Go d'origine, mais remplacés à la suite de pannes)
• Stockage (/grosdur) : Raid 5 sur 3 disques 3.5' à 7.200 Trs/mn de 2To (=> 4To de disponible)

Interventions

• 2017-10-09 : remplacement d'un des 2 disques durs du RAID 1 système - sous garantie, intervention par technicien Dell (voir mémo RAID)
• 2016-04-19 : remplacement d'un des 2 disques durs du RAID 1 système - sous garantie, intervention par technicien Dell
• 2013-08-30 : installation de Sphinx
• 2013-08-27 : installation Shorewall, Vsftpd, Rcconf
• 2013-07-19 : installation compte admin, Nginx 1.4.1, Mysql 5.5, Munin (paquet), Phpmyadmin 3.5.8.1, Sauvegarde...
• 2012-02-27 : redémarrage d'Agathis, installation de megaraid64 pour pour pouvoir utiliser la commande  MegaCli64 -PDList -aALL | less => aucun problème raid détecté, pas de message d'erreur dans dmesg . Remontage du NFS sur Sequoia.
• 2012-02-24 : blocage du serveur provoquant un dysfonctionnement du montage NFS (grosdur) => monté en charge de Sequoia (avec htop on voie la monté en charge).

Serveurs et utilitaires

• SSH
• Munin : http://munin.agathis.tela-botanica.net
• Mysql : multi-instances
  • 5.6 PROD : port 3306, socket /tmp/mysql-56.sock (Log des slow queries : /home/mysql/5.5/mysql-slow.log), config : /etc/mysql/5.6/my.cnf, service : /etc/init.d/mysql-56
  • 5.6 TEST : port 3308, socket /tmp/mysql-56-test.sock (Log des slow queries : /home/mysql/5.5-test/mysql-slow.log), config : /etc/mysql/5.6-test/my.cnf, service : /etc/init.d/mysql-56-test
• Nginx status : http://agathis.tela-botanica.net/nginx_status (accessible seulement en local)
• Node.js : v0.10 installée le 08/04/2015 dans /usr/local
• Php-fpm :
  • 5.6 : http://agathis.tela-botanica.net/php-56-fpm-status ( http://agathis.tela-botanica.net/php-56-fpm-ping )
  • 5.5 : http://agathis.tela-botanica.net/php-55-fpm-status ( http://agathis.tela-botanica.net/php-55-fpm-ping )
  • 5.4 : http://agathis.tela-botanica.net/php-54-fpm-status ( http://agathis.tela-botanica.net/php-54-fpm-ping )
• Php Opcache :
  • http://api.tela-botanica.org/op.php
  • http://api-test.tela-botanica.org/op.php
• Phpmyadmin : http://sql.agathis.tela-botanica.net/
• Sphinx : moteur de recherche - inutilisé (2017)
• Tomcat : http://tomcat.agathis.tela-botanica.net (pour le moissonnage)

Binaires installés à des endroits chelous

• MySQL test :
  • /usr/local/mysql/5.6-test/bin/mysql -u apitest -p
• MySQL prod :
  • /usr/local/mysql/5.6/bin/mysql -u apitela -p
• PHP test:
  • /usr/local/php/5.6/bin/php
• PHP prod:
  • /usr/local/php/5.5/bin/php
• Redémarrer les services de test :
  • service mysql-56-test restart
  • service php-56-fpm restart
• Redémarrer les services de prod :
  • service nginx restart
  • service mysql-56 restart
  • service php-55-fpm restart

scripts pseudo-cron maison

• /usr/local/sbin/code_zone_geo.sh (initscript /etc/init.d/tb_cel ) : parcourt les obs. du CeL à 2h du matin chaque nuit pour recoller le code commune et le code pays à celles qui n'en ont pas
• /usr/local/sbin/del_mail_recapitulatif_obs (initscript /etc/init.d/tb_del ) : envoie tous les jours à 18h un email récapitulatif des nouvelles obs. à déterminer sur Identiplante
• /usr/local/sbin/del_mail_recapitulatif_commentaires (initscript /etc/init.d/tb_del ) envoie tous les jours à 18h un email récapitulatif des commentaires reçus sur Identiplante
• /usr/local/sbin/osm-cron (initscript /etc/init.d/tb_osm ) extrait des données d'OpenStreetMap toutes les nuits (avec le logiciel OSMBoundaryAdmin)

• /usr/local/sbin/surveillance_mysql.sh (initscript /etc/init.d/tb_outils ) : surveille les processus MySQL éventuellement coincés, et les dézingue (le OOMKill du pauvre)

Documentation

• À faire sur Agathis
• Procédure d'installation d'Agathis (historique)
• Procédure de montage NFS d'Agathis sur Sequoia
• Procédure de configuration d'Agathis
• Gestion des domaines virtuels (création, suppression)
• Procédure en cas de piratage d'un compte et/ou de problème de fonctionnement
• Procédure en cas de problèmes avec les disques dur en RAID

Matériel

1 PowerEdge R510 Rack Chassis for Up to 12x 3.5" Hot Plug HDDs and Intel 55xx/56xx Processors, LED Diagnostics, Supports 750W PSUs
Intel Xeon E5506 Processor (2.13GHz, 4C, 4M Cache, 4.80 GT/s QPI, 80W TDP), DDR3-800MHz
R510-12HD EMEA1 Livraison Doc Pas de cordon d'alimentation (Anglais/Français/Allemand/Espagnol/Russe/Hébreu)
PE R510 Rack Bezel
16Go de mémoire par 2 CPU (4x RDIMM 4Go Dual Rank) 1333MHz
Additional Intel Xeon E5506 Processor (2.13GHz, 4C, 4M Cache, 4.80 GT/s QPI, 80W TDP)
3 Disques durs Hot Plug 2To SATA 7200tr/min 3,5 pouces
2 146Go SAS 6Gbit/s 10000tr/min 2,5pouces Disque dur interne Câblé
PERC H700 Contrôleur RAID intégré, 512Mo de mémoire cache, Pour châssis 12x disques durs
SATA Cable for Optical Drive for 8xHDD Chassis
No Optical Drive
Bloc d'alimentation redondant (2x) 750W, Pour 8x et 12x châssis de disque dur Hot Plug
2x Cordon d'alimentation pour unité de distribution de l'alimentation rack
Intel PRO 1000PT GbE Port unique Adaptateur serveur, Cu, PCIe x1
iDRAC6 Embedded BMC
Partition SE GPT Activée
Pas de système d'exploitation
ST : 2WHC15J