Référencer la biodiversité française (fonge, algues et flore)

La France est un territoire très riche du point de vue de sa flore et de ses champignons. Cependant, l’évaluation de cette biodiversité est souvent contrainte à des données locales difficiles à compiler ou échanger. Un référentiel devient indispensable si l’on veut agréger ces données et communiquer au niveau international.

Tela oeuvre depuis sa création à la réalisation de ces référentiels nationaux. L’index de la flore vasculaire de France, compilé et mis à jour par Benoît Bock sur la base des travaux de Michel Kerguélen (1928-1999), a été publié en 2002. Celui des bryophytes, par Cécile Lemonnier, en 2005.

La biodiversité, une richesse française méconnue

La France est un territoire de 674 843 km2 où le soleil ne se couche jamais car elle est répartie sur quatre continents (Afrique, Amériques, Europe et Océanie) et dans trois océans (Antarctique, Indien et Pacifique) en zones sub-boréale, méditerranéenne, tropicale et équatoriale. Cette répartition n’est cependant pas homogène en termes de surface territoriale et de biodiversité végétale.

La métropole, le carrefour de la biodiversité européenne
La plus grande partie du territoire français, la France métropolitaine, est présente en zone sub-boréale et méditerranéenne, en Europe de l’Ouest. Ce territoire est le plus grand de l’Union Européenne avec 543 965 km2 et est placé au carrefour de quatre des neuf régions biogéographiques européennes (alpine, continentale, atlantique et méditerranéenne). pas de alt pour cette image, sozElle possède à ce titre des écosystèmes très variés et 40% des espèces végétales présentes en Europe, ce qui la place au quatrième rang des pays européens en termes de biodiversité. Sur environ 4900 espèces de Ptéridophytes et d’Angiospermes, en ajoutant à ces espèces indigènes, les naturalisées, les subspontanées et les accidentelles, c’est largement plus de 6000 espèces que l’on peut trouver en métropole. 91 espèces végétales présentes en France sont considérées par l’Union Européenne comme d’intérêt communautaire et couvertes par la directive Européenne Habitat, Faune et Flore. La France métropolitaine compte une partie de son territoire dans le bassin méditerranéen qui est l’un des points chauds de la biodiversité du Monde.

Les zones tropicale et équatoriale, les joyaux de la biodiversité française
De plus petites surfaces du territoire français sont réparties dans la zone tropicale et équatoriale. Elles comptent 26 fois plus de plantes que le territoire métropolitain. Ainsi, plus de 96 % des plantes vasculaires spécifiques à la France (dont le maintien des populations est sous responsabilité française) sont concentrées sur les 22 % de son territoire que représentent les collectivités d’Outre-mer. Seule la Guyane en Amérique du Sud (83 534 km2) ne fait pas partie d’un des 34 points chauds de la biodiversité mondiale. pas de alt pour cette image, sozElle est en revanche couverte à 90% par l’Amazonie qui est l’une des forêts tropicales les plus menacées. En Amérique du Nord, la Guadeloupe (1 629 km2) et la Martinique (1 128 km2) font partie du point chaud des îles Caraïbes; en Afrique dans l’Océan Indien, la Réunion (2 504 km2) fait partie du point chaud composé de Madagascar et des Îles de l’océan Indien et enfin en Océanie, dans l’océan Pacifique avec la Nouvelle Calédonie (18 575 km2) est un point chaud de biodiversité à elle seule avec un très fort niveau d’endémisme et la Polynésie avec Fidji. Tous ces territoires hébergent 16% des plantes vasculaires de la planète dont 13 000 espèces sont endémiques !

Référencer, une action collective

Devant le foisonnement de noms d’espèces végétales, les référentiels taxinomiques ont pour objet de fournir les noms valides (= nomenclature) des espèces (= taxinomie) et d’indiquer à quels noms retenus correspondent les autres noms également employés (synonymes). Les espèces ne peuvent être évaluées correctement dans leurs diversités et dans leur évolution uniquement à travers un Référentiel Taxinomique National.

Constitution et mise à jour des référentiels français
Les bases de données sur les taxons de France sont nombreuses et ne peuvent s’harmoniser les unes aux autres, faute de référentiel partagé. Aussi, le Ministère de l’Ecologie, de l’Environnement, du Développement Durable et de la Mer (MEEDDM) soutient la réalisation d’un référentiel unique, dénommé TAXREF, et publié par le Muséum national d’Histoire naturelle sur le site de l’INPN

Tela Botanica participera à cette réalisation. Il sera chargé par le ministère d’animer les groupes d’experts qui réaliseront les référentiels, en partenariat avec le MNHN et la fédération des CBN.
Les référentiels partiels qui seront intégrés dans TAXREF sont :

Pour le territoire métropolitain : pas de alt pour cette image, soz
– Plantes vasculaires
– Bryophytes
– Algues marines et eaux douces
– Champignons

Pour les territoires d’outre-mer :
– Océan Pacifique
– Océan Indien
– Océan Atlantique
– Territoire des Terres Australes Françaises.

Le travail sera réalisé sur la base de référentiels existants, en partenariat avec le MNHN, les CBN, ainsi que toutes structures (associations, sociétés savantes) et personnes disposant des compétences nécessaires.

Un accord définissant l’organisation du travail et les rôles de chacun est en cours de négociation sous l’égide du MEEDDM.

Les informations sur cette organisation et sur la constitution des groupes d’experts, avec un appel à participation auprès des botanistes du réseau, vous seront données ultérieurement.

Cyril Guibert
Tela Botanica

7 commentaires

  1. Si c’est encore pour jongler avec des noms de plantes comme d’autres font de l’arithmétique, c’est pour donner une vision bien dégradée de la diversité morphologique et de la botanique : l’expression de Adanson « nommeurs de plantes » pour les gens qui ignorent la morphologie retrouve malheureusement son actualité.
    Daniel Chicouène.

    1. C’est sur le projet e-flore, et ensuite trouver le lien bryophyte. Ca fonctionne comme l’eflore des phanéros.
      Bientôt une grosse mise à jour avec beaucoup de pays en plus (dont tous les Etats de l’ex Urss, l’Allemagne, Malte, Crète… et mis à jour des autres pays avec de nouvelles données) et d’importants remaniements.

  2. Bonjour à tous,

    Le référentiel est un outil formidable, mais un fichier texte de 250 000 lignes, c’est pas très facile à utiliser.
    J’aimerai bien pouvoir faire des requêtes dedans, mais je ne sais pas quel outils utiliser. Un tableur me paraît peu adapté à la taille du fichier global.

    Existe-t-il un script pour formuler des requêtes comme par exemple:
    – quelle est le nombre de « taxon1 » dans « taxon2 » ?
    (ou « taxon1 » et « taxon2 » pourraient être sélectionnés au choix entre: esp., genre, fam., ordre, classe etc. et où ‘taxon2’ prendrait une valeur)
    – exemple: « quelle est le nombre d' »espèces » dans « famille=lamiaceae »
    – réponse attendue du type: « Lamiaceae contient xxx espèces. »

    – quelle est la liste des « taxon1 » dans « taxon2 » ?
    – réponse attendue du type: « Lamiaceae contient les « taxon1″ suivant: tax_A, tax_B, tax_C … tax_n »

    – quelle est la classification de « taxon3 » (où « taxon3 » serait uniquement une valeur)
    – réponse attendue du type: « taxon3 » appartient à « KG_w » > « CL_x » > « OR_y » > « FAM_z » … »

    quelqu’un aurait une idée ?
    Merci d’avance pour tout conseil. Florent

    1. Mareva Noël me fait remarquer que je n’ai pas précisé de quel référentiel je parle.

      Il s’agit du Référentiel Taxonomique de l’INPN. (Voir, section « download » du site de l’INPN).

      Cordialement, Florent

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