La numérisation du plus grand herbier du monde ouvre de nouveaux horizons de recherche

La rénovation de l’Herbier national du Muséum national d’Histoire naturelle, chantier titanesque ayant permis de
rénover les collections et les installations du plus grand herbier du monde, a surtout vu
la concrétisation d’un exploit inégalé à ce jour: la numérisation et la mise à disposition
en ligne des images de plus de 6 millions de planches d’herbiers.
Une équipe de l’Institut
de systématique, évolution, biodiversité (Muséum national d’Histoire naturelle / CNRS /
EPHE / UPMC) et de la Direction des Collections du Muséum décrit la base de données
obtenue dans un article qui vient de paraître dans Scientific data, permettant aux
scientifiques de se les approprier dans leurs futurs travaux de recherche.
L’Herbier national du Muséum contient environ 8 millions de
spécimens, arrivés du monde entier au fil des siècles et des
expéditions, ce qui en fait la collection botanique et fongique la plus
importante au monde. Cette dernière a pour ambition de rassembler
l’ensemble des espèces de plantes, lichens, algues et champignons
que porte la planète ; elle est le résultat de plus de 350 ans d’activité
botanique, depuis la création du Jardin royal des plantes médicinales
en 1635.

Entre 2008 et 2012, l’Herbier national a été complètement rénové,
processus qui a inclus une restauration du bâtiment et un
reclassement systématique des spécimens dans des rayonnages
mobiles pour répondre aux standards actuels de conservation. Près
d’un million d’échantillons de la collection de plantes vasculaires
(plantes à fleurs, conifères, fougères…) a été restauré à cette
occasion. Celle-ci compte à elle seule environ 6 millions de
spécimens et couvre environ 47% de la flore mondiale avec une
représentation historique remarquable (plus de 40% des échantillons
ont été récoltés avant 1900).

Conjointement à la rénovation de l’Herbier, une importante opération de numérisation des spécimens
de la collection a été entreprise : 5 400 000 spécimens de plantes vasculaires ont été numérisés, soit
90% du volume estimé de ce groupe conservé au Muséum. Un article qui vient de paraître dans la
revue Scientific Data, décrit le jeu de données ainsi généré pour les plantes vasculaires, mais
également les processus complexes qui ont conduit à sa constitution. Cette publication a été élaborée
par une équipe regroupant des personnels de l’Institut de systématique, évolution, biodiversité
(ISYEB : Muséum national d’Histoire naturelle /CNRS/UPMC/EPHE) et de la Direction des
Collections du Muséum

Chaque spécimen de cette collection scientifique doit être accompagné d’un certain nombre
d’informations indispensables sur la plante conservée : son lieu de récolte précis (allant du pays ou
d’une région jusqu’aux coordonnées GPS), son collecteur et sa date de récolte. D’autres informations
sur le milieu, les noms vernaculaires ou les usages locaux de ces plantes peuvent éventuellement
être renseignés. L’observation du spécimen fournit les autres informations (forme des feuilles, fleurs,
fruits, etc.). Un outil de sciences participatives développé au MNHN, les Herbonautes
(lesherbonautes.mnhn.fr), contribue à l’enrichissement en continu des données non encore
renseignées.

En savoir plus :
– Lire la suite de ce communiqué de presse du 14/02/2017 sur le site du CNRS
– Accédez à la publication : Gwenaël Le Bras, Marc Pignal, Marc L. Jeanson, Serge Muller, Cécile Aupic et al. The French Muséum national d’histoire naturelle vascular plant herbarium
collection dataset. Scientific Data 4, Article number: 170016 (2017)
doi:10.1038/sdata.2017.16 sur nature.com
– (Ré)Ecouter Gwenaël Le Bras au micro d’Axel Villard & Mathieu Vidard dans La Une de la Science / La tête au Carré sur France inter, émission du lundi 20/02 en replay sur le site de France inter ou ci-dessous

– Découvrir Les Herbonautes

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Image d’illustration : spécimen de Tulipa oculus-solis de l’Herbier de plantes vasculaires P ; MNHN. licence CC BY (4.0)